3 мая 1791 года была обнародована конституция Речи Посполитой, ставшая итогом реформаторской деятельности 4-летнего сейма (1788—1792). Конституция существенно меняла государственно-правовой статус Польши, что, естественно, не устраивало Петербург. По поручению короля Станислава Понятовского Огиньский был отправлен в Вильно для поддержания обнародованной конституции, против которой активно выступали сторонники пророссийской политики.
В противовес конституции в 1792 году была создана Тарговицкая конфедерация, проект которой разрабатывался в Петербурге под личным наблюдением Екатерины II. Акт конфедерации был опубликован 14 мая 1792 года, и в тот же день в Польшу вошли русские войска. Польская армия, увеличенная до 100 тысяч человек по постановлению 4-летнего сейма, несмотря на оказанное сопротивление русским войскам, не смогла остановить вторжения. Капитуляция короля и присоединение его к Тарговицкой конфедерации стало концом начавшейся борьбы. Результатом этой войны стал второй раздел Польши (1793) между Россией и Пруссией.
Михал Огиньский был ярым сторонником конституции 3 мая, и после крушения надежд, связанных с ней, он покинул страну. Его многочисленные имения в Литве и Белоруссии были конфискованы, что заставило его ехать в Петербург для снятия секвестра со своего имущества. В Петербурге ему удалось все возвратить под обязательство службы польскому правительству на основаниях Тарговицкой конфедерации. С этим пришлось согласиться.
Но как только в Польше началась национально-освободительная борьба, вылившаяся в вооруженное восстание, Огиньский стал ее самым активным участником. Поводом к началу вооруженной борьбы послужил отказ правительству конфедератов сократить численность польской армии. Первой выступила кавалерийская бригада генерала Мадалинского, располагавшаяся в Остроленке. Далее восстание перекинулось в Краков и Варшаву. Борьбу за независимость Польши возглавил Тадеуш Костюшко.
В ночь с 23 на 24 апреля началось восстание в Вильно, где в то время находился и Огиньский. Михал Клеофас объявил Национальному совету, что «приносит в дар Родине свое имущество, труд и жизнь». Передав значительную часть личных средств, он вошел в состав Национального совета в качестве депутата от Вильно. Свои письма и документы он стал скреплять печатью, на которой древний княжеский герб был заменен щитом с девизом «Свобода, постоянство, независимость».
