431 год до н э. стал годом начала Пелопоннесской войны. Эта война для Афин была тяжелым испытанием. Спартанцы и их союзники вторглись в Аттику и, опустошая страну, дошли до афинских укреплений. Они вырубили сады в окрестностях города, разорили дома и угнали скот. Этим они провоцировали Перикла выйти за стены города и дать сражение на открытом месте – осаждать города спартанцы не умели, а в открытом бою им не было равных. Многие, в том числе и друзья Перикла, ждали, что он примет этот вызов. Но когда он отказался от такого шага, его стали обвинять в трусости. Оскорбления Перикл сносил спокойно, а граждан, потерявших свое имущество при спартанском вторжении, он утешал, говоря, что «вместо порубленных деревьев вырастут новые, а погибших воинов заменить невозможно». В первый год войны была захвачена союзная с Афинами Платея. Перикл не потерял самообладания. Он решил не проводить в окруженных Афинах народного собрания, чтобы разгоряченные граждане не приняли необдуманного решения. Но сидеть сложа руки он тоже не собирался. Вскоре он снарядил морской поход вокруг Пелопоннеса, но не возглавил его, а совершил с небольшим отрядом пехоты вторжение в Мегарскую область. Опустошив ее, он нанес спартанцам не меньший урон, чем тот, который понесли афиняне, потеряв сады и скот в окрестностях Афин. Положение изменилось, и спартанцы, возможно, прекратили бы военные действия.
Но неожиданное бедствие расстроило планы Перикла и помешало прекратить войну. На следующий год (430 до н э.) в Афинах вспыхнула чума, и народом овладело отчаяние. Враги Перикла снова воспользовались ситуацией, обвинив его во всех несчастьях. Чтобы как-то успокоить граждан, Перикл стал готовиться в новый поход, собрав большое войско и снарядив 150 кораблей. Перед началом похода произошло солнечное затмение, что было истолковано суеверными афинянами как дурной знак. Перикл в это время уже находился на триере и, увидев растерянность и испуг кормчего, подошел к нему и накрыл его своим плащом. Затем он спросил кормчего, видит ли он в действиях Перикла какое-либо предзнаменование несчастья, а получив отрицательный ответ, сказал: «Так чем же то явление отличается от этого, как не тем, что предмет, который был причиной темноты, больше плаща?»
Перикл пошел с флотом к восточному берегу Пелопоннеса, но из-за эпидемии вынужден был вернуться. Этой неудачей воспользовалась оппозиция, выступившая против Перикла, который, по ее мнению, стал виновником войны, принесшей столько бедствий. Его уже не выбрали стратегом и даже, несмотря на то что он всегда славился своим бескорыстием, обвинили в растрате общественных денег и присудили к большому штрафу.
