История понтификата Александра VI ограничивается почти исключительно борьбой клана Борджиа за власть в Италии. Для укрепления позиций запрещенных средств не было – в ход пускалось все – от убийства неугодных до выгодных браков. В мае 1494 года папа женит своего сына Джованни, князя де Сквиллаче и графа де Кариати, на Санчии де Калабр, принцессе неаполитанской. Последний брак вызвал неудовольствие французского короля Карла VIII, претендующего на власть над королевством неаполитанским. Осенью 1494 года французская армия перешла Альпы. Французы быстро заняли Милан, Флоренцию, где их приветствовал Савонарола – ярый противник Александра VI, и 3 декабря 1494 года французы вступили в Рим. Понтифик вступил в переговоры с французским королем, и 15 января 1495 года Карл и Александр заключили соглашение. «Капитулировавший» папа получил то, что хотел, то есть клятву повиновения и признание законности его избрания, а «победивший» Карл двинулся дальше на юг, чтобы короноваться как король Неаполя. В результате он все-таки не получил желаемую неаполитанскую инвеституру – что значит дипломатия Борджиа! Успехи французов вскоре вызвали сопротивление в итальянских городах, и в конце марта 1495 года была образована Венецианская лига, к которой сразу же присоединился и Александр VI. После поражения под Пармой французы были вынуждены отступить и с большим трудом вернулись обратно во Францию.
Борджиа торжествовали. Теперь для них стал другой основной вопрос – покончить с Савонаролой. Доминиканский монах продолжал клеймить в своих проповедях папский двор. Для борьбы с Савонаролой была призвана инквизиция. Враг клана Борджиа погиб на костре 23 мая 1498 года.
В последующие годы понтификата Александра VI самодержавным владыкой Центральной Италии фактически становится его сын – Чезаре. Он поочередно ликвидирует все, что оказывает сопротивление власти семьи Борджиа. Даже кардиналы не исключение, некоторые из них были убиты или отравлены по его приказу. Ответственность за эти кровавые преступления сына лежит в равной степени и на его отце. Но Чезаре не желает делить власть ни с кем, тщеславие доводит его и до ликвидации ближайших родственников. Он решает расправиться с братом Хуаном, которому отец готовит неаполитанское королевство и нанимает убийц. В июне 1497 года герцог Хуан Гандийский был заколот девятью ударами кинжала и сброшен в Тибр.
