Молодых слушателей увлекал пафос Фихте, резко критиковавшего старые феодальные порядки во имя разума и свободы. «Всякий, считающий себя господином других, сам раб. Если он и не всегда действительно является таковым, то у него все же рабская душа, и перед первым попавшимся более сильным, который его поработит, он будет гнусно ползать… Только тот свободен, кто хочет все вокруг себя сделать свободным.»
Кроме публичных, Фихте читал и курс частных лекций, предназначенных уже не для широкой публики, а для студентов, которым он излагал содержание своей системы. Программа этого курса была предварительно подготовлена и напечатана под заголовком: «О понятии наукоучения, или так называемой философии». Лекции Фихте составили содержание его важнейшего сочинения первого периода — «Основы общего наукоучения», которое печаталось отдельными листами по ходу чтения лекций и было предназначено для слушателей. 
Несмотря на то, что наукоучение было весьма трудным для понимания и вызывало много вопросов не только у студентов, но и у коллег-философов, дидактический дар и ораторское искусство Фихте облегчало восприятие сложного построения.
В 1795 году Фихте вместе со своим другом Ф. И Нитхаммером, тоже профессором философии в Йене, стал издавать «Философский журнал общества немецких ученых», в котором публиковались многие работы самого Фихте и близких ему философов. Йенский период в творчестве философа был очень продуктивным: им был написан ряд исследований, в том числе две большие работы — «Основы естественного права согласно принципам наукоучения» (1796) и «Система учения о нравственности согласно принципам наукоучения» (1798). В этих произведениях получили свое обоснование и развитие те идеи, контуры которых были намечены в сочинениях, посвященных Французской революции. Его известность и влияние росли. Выдающиеся умы стали приверженцами наукоучения, среди них — Карл Рейнгольд, уже знаменитый философ, и молодой Фридрих Шеллинг.
