На второй год войны в Афинах разразилась эпидемия чумы. Болезнь коснулась и Фукидида, но ему удалось быстро оправиться и избежать наиболее тяжелых осложнений.
В 424 году до н э. он был избран стратегом и во главе афинской эскадры послан к побережью Фракии для защиты афинских владений. Где и когда он обучался воинскому искусству – сведений нет. Но вряд ли бы афиняне избрали стратегом человека, не имеющего опыта в военном деле.
Шел восьмой год войны. Спартанский полководец Брасид предложил нанести удар по северным владениям Афин. На его стороне выступили македонский царь Пердикка, фракийский царь Севф и ряд городов Союза. Пройдя через Среднюю Грецию и Фессалию, Брасид подошел к Амфиполю. Защищавший этот форпост афинский стратег Евкл послал гонца к Фукидиду с просьбой о помощи. Но Фукидид опоздал и подошел к Амфиполю, когда тот был уже захвачен Брасидом. О своей неудаче Фукидид кратко рассказывает в четвертой книге «Истории», ничем не стараясь оправдать свою медлительность. Среди историков нет единого мнения о виновности Фукидида. Некоторые обвиняют его в медлительности, другие – в измене, но есть и такие, которые считают, что Фукидид стал жертвой оговора своих противников. Но для афинян виновность Фукидида была очевидной. За измену и потерю Амфиполя, а именно это ему и ставили в вину, он был приговорен к пожизненному изгнанию.
Изгнанный из Афин, Фукидид поселился во Фракии, в своем поместье. В течение следующих двадцати лет, находясь вдали от родины, он занимался сбором материала для своего исторического труда, оставаясь сторонним наблюдателем и стараясь беспристрастно излагать ход войны. Обладая значительными средствами, Фукидид мог позволить себе много путешествовать и, таким образом, стать свидетелем основных событий Пелопоннесской войны. Свой труд – «История» – он разделил на восемь книг. Первая из них посвящена обширному введению ко всему труду и предыстории Пелопоннесской войны. Труд его остался незаконченным, и события в нем доведены до осени 411 года до н э. Но, несмотря на незавершенность отдельных частей, «История» является цельным произведением. Первое десятилетие войны описано в книгах со второй по четвертую, Никиеву миру посвящена пятая книга, Сицилийская экспедиция (415—412 годы до н э.) отражена в книгах шестой и седьмой, а последняя книга рассказывает о Декелейско-Ионийской войне и установлении в Афинах олигархического правления Четырехсот.
