Драматическим событием в жизни Фихте, как и других его соотечественников, оказалось поражение немцев в войне с французами и оккупация Берлина Наполеоном. Осенью 1806 года Фихте оставил Берлин и переехал в Кенигсберг, где работал до весны 1807 года. Однако семья философа оставалась в Берлине, и в конце лета он вынужден был вернуться. В декабре Фихте читал в оккупированном Берлине свои знаменитые «Речи к немецкой нации», в которых взывал к национальному самосознанию немцев, побуждая свой народ к единению и борьбе против оккупантов. Это был гражданский подвиг мыслителя, требовавший большого мужества.
Нервное напряжение подорвало силы Фихте, и весной 1808 года он заболел. Болезнь была длительной и тяжелой, Фихте долго не мог работать. Но, когда в 1810 году вновь открылся Берлинский университет, он согласился принять предложенную ему должность декана философского факультета. Вскоре его избрали ректором университета — должность, которую было нелегко исполнять такому прямому, темпераментному и лишенному «дипломатических» качеств человеку, каким был Фихте. Уже через полгода он подал прошение об отставке, которая была ему дана весной 1812 года.
Поражение наполеоновских войск в России открывало наконец немцам возможность освободиться от французской оккупации. Патриотический подъем вдохновлял Фихте. Именно осенью 1812 года он занялся новой переработкой наукоучения, написал сочинения «Об отношении логики к философии, или О трансцендентальной логике», «Факты сознания», «Вводные лекции в наукоучение». Однако творческий подъем продолжался недолго. В начале 1814 года жена Фихте, в течение нескольких месяцев ухаживавшая в госпитале за больными и ранеными, заболела тифом, Иоганн Готлиб заразился от нее и скончался 29 января 1814 года.
