Самым значительным его последователем, кроме Петерсона, был Владимир Александрович Кожевников, ученый, философ и поэт, человек обширнейших и разносторонних знаний, в совершенстве владевший восемью языками.
Николай Федорович скончался 15 декабря (по старому стилю) 1903 года в Мариинской больнице для бедных. Как рассказывают, смерть наступила, по существу, случайно. Однажды в трескучие декабрьские морозы под нажимом знакомых Федоров изменил своим привычкам ходить в легком платье круглый год. Его почти насильно одели в шубу и посадили на извозчика, чего он никогда себе не позволял. Результатом явилась простуда и сильнейшее двустороннее воспаление легких.
Сергей Бартенев, известный музыкант своего времени, автор исследования о Кремле, писал о впечатлении, которое произвела эта смерть: «Не верилось, что этот ополчившийся против смерти человек когда-нибудь умрет. Когда это случилось и я увидал его лежащего мертвым, помню, мир мне показался в овчинку, столь далеким, столь маленьким! Такого человека не стало!»
Похоронили Николая Федоровича на кладбище московского Скорбященского монастыря (на нынешней Новослободской улице). Могила философа, призывавшего живых обратиться сердцем и умом к кладбищам, была снесена в 1929 году, место последнего упокоения утрамбовали под игровую площадку. Осуществилось зловещее пророчество Федорова о нравственном одичании, одним из симптомов которого станет «превращение кладбищ в гульбища», а «сынов человеческих» — в «блудных сынов, пирующих на могилах отцов».
Сразу после смерти Федорова Петерсон и Кожевников начали готовить к изданию все труды, написанные их учителем. В 1906 году в городе Верном (ныне Алма-Ата) вышел первый том «Философии общего дела» всего в количестве 480 экземпляров. Следуя заветам покойного, ученики выпустили книгу «не для продажи». Часть тиража была разослана по библиотекам, из другой части любой желающий мог себе бесплатно заказать экземпляр у издателей.
