Окончив обучение у столяра, Евгений был назначен ординарцем к генералу Гошу, которого незадолго до своей смерти Александр Богарне просил позаботиться о сыне.
Служба при нем дала Евгению возможность познакомиться с генералом Бонапартом, который, обратив на него внимание, пожелал познакомиться и с его семьей. Спустя несколько месяцев Бонапарт женился на Жозефине Богарне, а Евгений получил чин корнета 1-го гусарского полка и был назначен адъютантом к Бонапарту.
После Итальянского похода 1795 года Богарне сопровождал Бонапарта в Египет, участвовал в Сирийском походе, в сражении у Пирамид, при взятии Яффы и при осаде Сен-Жан д’Акр, где получил ранение в голову.
В 1800 году Богарне был назначен командиром роты гвардейских конных егерей и в том же году во время Итальянской кампании участвовал с ней в сражении при Милане и при Маренго.
В мирное время Евгений настойчиво изучал военное искусство и в 1804 году был произведен в бригадные генералы, а после коронации Наполеона получил титул принца.
11 мая 1805 года Наполеон объявил себя королем Италии, а 26 мая возвел Евгения в сан вице-короля.
Богарне ревностно принялся за административную деятельность, организуя заново все учреждения. По его инициативе предпринимались различные общественные работы, такие как проведение каналов, строительство дорог, укрепление берегов рек и т п. Своей бурной деятельностью Евгений Богарне за время управления страной сумел заслужить любовь итальянцев. Добросовестно относясь к своим обязанностям и сознавая свою неопытность в административной деятельности, принц Евгений окружил себя советниками, помогавшими ему лучше организовать управление. Администрация и суд были преобразованы по французскому образцу, уничтожены сословные привилегии, провозглашено гражданское равенство, в порядок были приведены финансы страны. В армии также была проведена реорганизация, заметно улучшившая ее боеспособность. Единственное, что вызывало недовольство итальянского общества, было то, что принц Евгений безропотно подчинялся всем требованиям Наполеона по поставке войск и выплате субсидий.
