Первым из церковных дел патриарха стало, разбирательство об исправлении церковных книг, которое начали книжники Троице-Сергиевой лавры под руководством архимандрита Дионисия. Они сочли, что за годы Смуты многие служебные книги стали непригодными, так как в них появились ошибки. Инициатива троицких книжников не понравилась другим представителям духовенства, которое подвергло Дионисия и его сторонников опале, сочтя эти правки еретическими. Для разбирательства Филарет привлек Иерусалимского патриарха Феофана, который решил вопрос в пользу Дионисия и его помощников. Они были оправданы и возвращены на прежние должности, а их противникам пришлось смириться, а некоторые из них были вынуждены отправиться в ссылку.
Патриарх строго следил и за порядком при царском дворе. Молодого царя окружало слишком много родственников, занимающих важные государственные посты и часто злоупотребляющие своей властью. По праву старшего представителя рода Филарет наказывал (вплоть до ссылки) тех, кто допускал серьезные нарушения или неблаговидные деяния, и никакие родственные узы не мешали ему карать провинившихся. При его соправлении в ссылку были отправлены братья Салтыковы, подверглись опале И.В. Голицын и Д.Т. Трубецкой, многие другие были отстранены от высоких должностей. Кстати сказать, после смерти Филарета все опальные и ссыльные были возвращены в Москву.
Принимая участие в решение всех государственных вопросов, главными для себя Филарет считал женитьбу сына и отмщение польскому королю Сигизмунду за причиненные обиды. Первая кандидатура на роль невесты Михаила – Мария Хлопова – получила активные возражения со стороны матери царя инокини Марфы. Тогда Филарет решил поискать жену для сына за пределами России. Но все попытки были неудачными – либо послы были не приняты (правда, по уважительным причинам), либо невеста не желала переходить в православную веру. Супругой царя Михаила, после долгих поисков, стала Евдокия Лукьяновна Стрешнева.
