Помимо занятий математикой Флоренский слушал лекции на историко-филологическом факультете, самостоятельно изучал историю искусства. «Мои занятия математикой и физикой, — писал он впоследствии, — привели меня к признанию формальной возможности теоретических основ общечеловеческого религиозного миросозерцания (идея прерывности, теория функции, числа). Философски же и исторически я убедился, что говорить можно не о религиях, а о религии, и что она есть неотъемлемая принадлежность человечества, хотя и принимает бесчисленные формы».
В 1904 году, после окончания университета, П. А. Флоренский поступает в Московскую духовную академию, желая, как он писал в одном из писем, «произвести синтез церковности и светской культуры, вполне соединиться с Церковью, но без каких-нибудь компромиссов, честно воспринимать все положительное учение Церкви и научно-философское мировоззрение вместе с искусством…»
Главным устремлением тех лет было познание духовности не отвлеченно-философски, а жизненно. Неудивительно, что кандидатское сочинение Флоренского «О религиозной истине» (1908), которое стало ядром его магистерской диссертации и книги «Столп и утверждение Истины» (1914), было посвящено путям вхождения в Православную Церковь. «Живой религиозный опыт, как единственный законный способ познания догматов», — так сам П. А. Флоренский выразил главную мысль книги. «Церковность — вот имя тому пристанищу, где умиряется тревога сердца, где усмиряются притязания рассудка, где великий покой нисходит в разум».
После окончания академии в 1908 году Флоренский был оставлен преподавателем на кафедре истории философии. За годы преподавания в МДА (1908–1919) он создает ряд оригинальных курсов по истории античной философии, кантовской проблематике, философии культа и культуры. А. Ф. Лосев отмечал, что Флоренский «дал концепцию платонизма, по глубине и тонкости превосходящую все что я читал о Платоне».
