После овладения всей Финляндией Апраксин был поставлен фактически во главе управления занятыми землями, имея ближайшим помощником князя М.М. Голицына, а должность губернатора исполнял граф Густав Отто Дуглас. Сам Апраксин правил Финляндией из Петербурга, сохранив за собой управление краем до 1719 года. В 1716 году, командуя галерным флотом, Апраксин действовал против шведов в Финляндии, а в 1717 году, командуя корабельным флотом в Балтийском море, он произвел высадку на остров Готланд. Высадив на остров десант в количестве 900 человек и не встретив со стороны шведов никакого сопротивления, отряд продвинулся вглубь острова на 5 миль и захватил большое количество продовольствия и скота, предназначавшегося для обеспечения питанием шведских экипажей. Узнав об этой вылазке, Петр I остался весьма доволен действиями Апраксина.
В 1717 году Апраксин занял высшую должность в военно-морском флоте, став президентом Адмиралтейств-коллегий и сенатором. Это назначение положительно сказалось на всех сторонах жизни флота в целом и личного состава в частности, у которого Апраксин пользовался заслуженным уважением и авторитетом.
В 1718 году он становится вторым членом следственной комиссии по делу цесаревича Алексея Петровича. И в том же году «за злоупотребления» он вторично был подвергнут аресту и даже лишению имущества и достоинства, но затем, принимая во внимание его прежние заслуги, дело ограничилось денежным взысканием.
В мае 1719 года граф Апраксин был назначен эстляндским генерал-губернатором и отправлен в Финляндию для руководства армией и флотом. Петр вручил ему инструкцию, которой он должен был строго руководствоваться при проведении операций на побережье Швеции. Впервые за период Северной войны русскому флоту пришлось проводить такие широкомасштабные операции с использованием многотысячных десантных войск и основных сил как гребного, так и парусного флотов. Опыта подобных операций русское командование не имело, поэтому и Апраксин, и все те, кто были привлечены к военным действиям, проводили тщательную подготовку и разрабатывали детальный план операции. Но вся ответственность за действия войск легла на Апраксина.
