К этим же первым годам жизни в монастыре относится и возникновение у Бруно сомнений в догмате Троицы. Способного юношу, отличавшегося необыкновенной памятью, возили в Рим к папе показать будущую славу доминиканского ордена.
После получения сана священника и недолгого пребывания в провинциальном приходе Бруно был возвращен в монастырь для продолжения занятий богословием. В1572 году Бруно получил сан священника. В Кампанье, в провинциальном городе Неаполитанского королевства, молодой доминиканец впервые отслужил свою обедню. В то время он жил недалеко от Кампаньи, в монастыре Св. Варфоломея. Получив определенную свободу, он читал труды гуманистов, сочинения итальянских философов о природе, а главное, познакомился с книгой Коперника «Об обращении небесных тел».
Вернувшись из Кампаньи в монастырь Св. Доминика, он тут же был обвинен в ереси. В 1575 году местный начальник ордена возбудил против него расследование. Было перечислено 130 пунктов, по которым брат Джордано отступил от учения католической церкви. Собратья по ордену яростно набросились на Джордано. Предупрежденный кем-то из друзей, он бежал в Рим, чтобы «представить оправдания». В его келье произвели обыск и обнаружили сочинения св. Иеронима и Иоанна Златоуста с комментариями Эразма Роттердамского.
Книги с комментариями Эразма Роттердамского значились в папском индексе. Хранение запрещенных книг было тягчайшим преступлением, одного этого факта было бы достаточно для обвинения в ереси. Бруно стало ясно, что теперь и в Риме он не может рассчитывать на снисхождение. Он сбрасывает с себя монашеское одеяние и на корабле отплывает в Геную, оттуда — в Венецию. Там Бруно написал и издал книгу «О знаменьях времени» (ни одного экземпляра ее пока не удалось найти и содержание ее неизвестно).
После двухмесячного пребывания в Венеции Бруно продолжил скитания. Побывал в Падуе, Милане, Турине, наконец прибыл в кальвинистскую Женеву. Поддержанный земляками (они одели изгнанника и дали ему работу корректора в местной типографии), Бруно присматривался к жизни реформационной общины, слушал проповеди, знакомился с сочинениями кальвинистов. Проповедуемое кальвинистскими богословами учение о божественном предопределении, согласно которому человек оказывался слепым орудием неведомой и неумолимой божественной воли, было ему чуждо.
