Прибыв в Лесбос, Помпей взял на борт своего корабля жену Корнелию и младшего сына Секста и отплыл к Кипру, где был снабжен деньгами. Оттуда он направился в Египет, рассчитывая на помощь египетского царя Птолемея XIII Диониса. Однако надежды Помпея на египетскую помощь оказались призрачными и привели его к роковому концу. Правившие вместо малолетнего египетского царя Потин, Теодот и Ахиллас – главные царские воспитатели и советники – в надежде заслужить благодарность Цезаря умертвили Помпея. Он был убит на следующий день после того, как ему исполнилось 58 лет. И Цезарь получил от египетских царедворцев голову и перстень своего главного врага. Тело Помпея было захоронено его солдатами, а полученную голову Цезарь сжег и пепел захоронил с особыми почестями.
Природа наделила Помпея замечательными военными способностями, физической силой, выдержкой, храбростью, его популярность в Риме объяснялась, прежде всего, военной славой, которую Помпей добыл на полях сражений. В мирной жизни он не проявил особых дарований и во многом представлял тип обычного римлянина – застенчивого, нерешительного, не слишком жестокого, малообразованного, хорошего семьянина. Двое его сыновей – Гней Помпей Младший и Помпей Секст – пошли по стопам отца и стали полководцами. После гибели отца старший из сыновей боролся с Цезарем вначале в Африке, а затем в Испании, собрал вокруг себя большое войско из республиканцев и туземцев, сохранявших добрые воспоминания о его отце. В 45 году до н э. Гней Помпей Младший во главе 13 легионов выступил против Цезаря, но был разбит наголову в сражении при Мунде и сам погиб в ходе битвы.
Помпей Секст сопровождал своего отца в Египет, где стал свидетелем его смерти. Затем он служил под началом своего старшего брата, а после его гибели начал корсарскую войну с легатами Цезаря.
После смерти Цезаря Помпею удалось встать во главе флота, с помощью которого он занял значительную часть Испании и Сицилию. Члены второго триумвирата объявили его врагом отечества, а Помпей Секст, воспользовавшись сицилийскими гаванями, стал захватывать корабли, перевозившие в Италию хлеб.
Тогда триумвиры Октавиан и Антоний, обеспокоенные волнениями, происходящими из-за голода в Риме, решили примириться с Помпеем, заключив с ним в 40 году до н э. Брундизийский договор. По этому договору Помпей Секст обязался не мешать морской торговле и не принимать дезертиров и беглых рабов и ежегодно присылать из Сицилии, предоставленной под его управление вместе с Корсикой, Сардинией и Ахайей, определенное количество хлеба. Однако вскоре Антоний нарушил Брундизийский договор, отказавшись отдать Помпею Ахайю. В свою очередь, Помпей вновь стал занимать некоторые из приморских городов Италии, возобновил пиратские набеги и снова начал принимать на свои корабли дезертиров. Он снова стал перехватывать хлебные транспорты и опять привел Рим к голоду.
