У Спенсера начинает складываться своя система. Какие течения философской мысли оказали на него влияние? Это эмпиризм предшествующих английских мыслителей, главным образом Юма и Милля, критицизм Канта, преломленный сквозь призму учения Гамильтона (представителя английской школы «здравого смысла»), натурфилософия Шеллинга и позитивизм Конта. Но основной идеей построения новой философской системы была идея развития. Главному своему труду «Синтетической философии» он отдал 36 лет жизни. Эта работа сделала его настоящим «властителем дум», и он был объявлен самым гениальным философом своего времени. Льюис в своей «Истории философии» спрашивает: «Производила ли Англия когда-нибудь мыслителя более высшего порядка, чем Спенсер?» Дж. Стюарт Милль ставит его на одну ступень с Огюстом Контом. Дарвин называет его «величайшим из живущих теперь философов Англии, может быть равному каждому из прежних философов».
В 1858 году Спенсер решился объявить подписку на издание своего сочинения. Он публикует первый выпуск в 1860 году. В течение 1860–1863 годов выходили «Основные начала». Но издание из-за материальных трудностей продвигалось с трудом. Спенсер терпит убытки и нужду, находится на грани нищеты. К этому следует добавить нервное переутомление, систематически мешавшее ему работать.
В 1865 году он с горечью сообщает читателям, что должен приостановить выход серии. Правда, через два года после смерти отца он получает небольшое наследство. В это же время Герберт знакомится с американцем Юмансом, который издает его труды в Соединенных Штатах, где Спенсер приобретает широкую популярность раньше, чем в Англии. Юманс и американские поклонники оказывают философу материальную поддержку, что позволяет возобновить издание книг серии. Дружба Спенсера и Юманса продолжается 27 лет, до смерти последнего. Постепенно имя Спенсера становится известным, спрос на его книги возрастает, и к 1875 году он покрывает свои финансовые убытки и получает первую прибыль.
