Увы, современники не оценили его гения. Главное философское произведение писателя — «Заключительное ненаучное послесловие» не вызвало ни малейшего интереса и разошлось тиражом в 50 экземпляров. А «Философские крохи», пространным комментарием к которым было это произведение, по собственному свидетельству Кьеркегора, «безо всякого препирательства, без крово-, без чернилопролития эта работа осталась незамеченной, нигде не обсуждалась, нигде не упоминалась…»
Последний год жизни Кьеркегора — это год его бунта, мятежа, восстания против религиозного лицемерия и формальной обрядности протестантской церкви. Поводом для восстания послужила кончина в 1854 году главы датской протестантской церкви епископа Мюнстера, друга и духовного наставника Кьеркегора-отца. Когда его преемник епископ Мартенсен выступил с восторженной апологией своего предшественника как «свидетеля Христа», Кьеркегор взбунтовался. «Рядом статей этой газете («Отечество») я открыл теперь, говоря военным языком, живой огонь, выступив против официального христианства и тем самым против духовенства в нашей стране».
За полгода на страницах газеты была опубликована 21 статья, а с 24 мая 1855 года начал выходить в свет собственный, издаваемый Кьеркегором на последние оставшиеся от отцовского наследства деньги, листок «Мгновение», всецело посвященный начатой им в «Отечестве» кампании. Философ с негодованием обрушился на официальные церковные установления и их блюстителей, предавших заветы Иисуса Христа. Особенно резким нападкам подвергся глава датской церкви. Клерикалы пришли в бешенство. Последний (десятый) подготовленный Кьеркегором номер не вышел в свет. Огромное нервное возбуждение не прошло бесследно. Кьеркегор, потеряв сознание, упал на улице и через несколько дней скончался в возрасте 42 лет.
Это произошло 11 ноября 1855 года. Чувствуя приближение смерти, философ пожелал причаститься, но не из рук священника, а от частного лица. В этом ему было отказано. Толпа видела в его смерти перст Божий. Своей надгробной эпитафией он задолго до смерти избрал: «Тот Единичный».
Многочисленные сочинения Серена Кьеркегора оставляют 28 томов, 14 из них занимают дневники. В философии Карьеркегора предвосхищены основные моменты современной экзистенциональной философии, которые пронизывают творчество Гуссереля, Ясперса, Хайдеггера, Сартра и Камю.
