В 1905 году выходит первая большая работа Лосского «Обоснование интуитивизма», принесшая ему академическую славу. Оценивая значение этой работы уже позднее, С. Л. Франк в статье «Сущность и ведущие мотивы русской философии» (1925) писал: «… лишь с работы Николая Лосского «Обоснование интуитивизма» (1905) возникает специфическая русская научно-систематическая философская школа, которая, может быть, позднее превратится в своеобразный эталон для русской научно-философской традиции».
В это же время в журнале «Вопросы философии и психологии» была напечатана его докторская диссертация «Обоснование мистического эмпиризма», которую в 1907 году он защитил в Московском университете. Над своей гносеологической концепцией Лосский продолжает работать и дальше, уточняя ее основные понятия, критически соотнося ее с влиятельными в то время теориями знания (неокантианцев, философов имманентной школы, неореалистов, Бергсона, Гуссерля, ряда русских- философов и даже представителей диалектического материализма, критической оценке которого он посвятил отдельную брошюру).
В 1908–1909 годах Лосский преподавал в Петербургском университете. Женском педагогическом институте, на Бестужевских Высших женских курсах и в других учебных заведениях. Лосский начал занятия метафизикой и приступил к подготовке книги «Мир как органическое целое» (1917). Как мыслитель систематического склада он с самого начала имел в виду, что его гносеология должна получить онтологическое (метафизическое) обоснование. В своих поисках Лосский обращается к истории философии. Он читает «Историю метафизики» Э. Гартмана, прорабатывает сочинения Фихте, Гегеля, Шеллинга, открывает для себя Плотина как «первоклассного гения» философской мысли. Импульсы идут и от современной ему философии: от феноменологии, от «живого видения творчески изменчивого бытия», которое он находит в работах Бергсона П. А. Флоренский прислал Лосскому свой труд «Столп и утверждение истины». Лосский не претендует на оригинальность. Свою задачу он видит в том, чтобы внести порядок и гармонию в труды доставшихся по наследству богатств. В данном случае он — наследник Плотина, которого обильно цитирует, а также Лейбница.
Резюме онтологии Лосского звучит следующим образом: «… В основе мира и притом выше мира есть Бог не как совершенство, а более того — как Сущее сверхсовершенство. Далее, в основе мира и притом в составе самого мира есть Царство Божие, Царство Духа как осуществленный идеал. Существа, наиболее далекие от него, могут надеяться достигнуть его, потому что это Царство есть и лучи его хоть в малой мере по благости Божией освещают каждого из нас, помогая переносить бедствия и тягости той несовершенной жизни, на которую мы обрекли себя». Лосский не удовлетворен апофатическим богословием, которое ограничивается только отрицательными определениями Абсолюта: Абсолютное не есть воля, не есть разум, не есть многое, не есть простое и т. д., и т. п. Опираясь на живой религиозный опыт Бога, Абсолютное можно характеризовать положительным образом как Добро. Онтология Лосского служит обоснованию этики.
