В этот период Франк участвует в дискуссиях по вопросам социализма и политической экономии и занимается «революционной деятельностью» как сторонник социал-демократов (в гражданском костюме, чтобы студенческая форма не обратила внимания, ходит в Сокольники «агитировать» рабочих). Вскоре, однако, он решает «порвать с революционной средой и заняться наукой». «Я чувствовал раздражение от скороспелых категорических юношеских суждений и от скрывавшегося за ними невежества».
Постепенно Франк отдалился от своих товарищей по социал-демократическому кружку и начал посещать диспуты, проводившиеся на квартире своего научного руководителя профессора-экономиста А. Чупрова. Тем не менее он не порывал связи со студенческим движением.
В 1898 году, после получения «выпускного свидетельства» об окончании восьми семестров университета, Франк откладывает государственные экзамены на год, чтобы лучше к ним подготовиться. Однако сдать экзамены ему не удалось — в стране начались студенческие волнения. Франк был арестован и выслан из Москвы на два года без права проживания в университетских городах. Вначале он едет к родным в Нижний Новгород, а затем — осенью того же года — отправляется в Берлин, где, получив разрешение посещать университет, посещает лекции по политической экономии и философии.
В 1898 году Франк познакомился с П. Б. Струве, оказавшим на него особенно заметное влияние.
«Я ему бесконечно обязан в своем умственном и духовном развитии, всю жизнь — 46 лет близости — мы были глубоко солидарны внутренне (маленькое политическое расхождение в 20-х годах — не в счет), и 15 лет — от 1902 до 1917 года работали вместе, виделись чуть не ежедневно. Я чувствую себя осиротевшим», — писал он через несколько дней после смерти Струве в 1944 году.
