В мае 1797 года батальон, которым командовал Барклай, был преобразован в 4-й егерский полк. На следующий год Барклай-де-Толли был произведен в полковники, а 24 мая 1799 года получил чин генерал-майора российских войск.
В начале кампании 1805 года полк Барклая-де-Толли входил во 2-ю армию Беннигсена, которая должна была двинуться для содействия главным силам союзников. Но по пути следования через Пруссию армию настигло известие о разгроме союзников при Аустерлице и о развале Третьей коалиции. Это привело к временной остановке боевых действий.
В сентябре 1806 года возникла Четвертая коалиция. В результате поражения прусской армии при Йене и Ауэрштадте главную роль в предстоящей кампании должна была играть армия Беннигсена, насчитывавшая 70 тысяч человек и 300 орудий. Полк Барклая был назначен в авангард.
Первое сражение кампании 1806—1807 годов произошло под Пултуском. Барклай лично водил своих егерей в контратаки, в ходе которых натиск французов был отбит на всех направлениях. За храбрость Барклай-де-Толли получил орден Св. Георгия 3-й степени.
На рассвете 25 января отряд Барклая подошел к Прейсиш-Эйлау. Здесь 26 января в 12 часов началось сражение. Бои шли на самих улицах города. Барклай лично повел в контратаку два гусарских полка, но в разгар боя был ранен артиллерийской гранатой, раздробившей ему руку. Вынесенный с боя он был отправлен для излечения в Кенигсберг, а затем далее в Мемель (Клайпеда). Здесь его дважды посетил император Александр I, и во время бесед Барклай изложил ему свое видение будущей войны с Наполеоном. Император наградил Барклая-де-Толли орденом Св. Анны 1-й и Владимира 2-й степеней, а 4-му егерскому полку за боевые успехи были пожалованы серебряные трубы.
Следующей военной кампанией для Михаила Богдановича стала русско-шведская война 1808—1809 годов. В мае 1808 года его корпус получили приказ двигаться в провинцию Саволакс. Под его командованием находилось пять пехотных и один кавалерийский полка, с тремя эскадронами драгун и тремя казачьими сотнями и ротой гвардейской артиллерии. Финны – уроженцы этих мест – сумели под командованием полковника (впоследствии – генерала) Ю. Сандельса организовать мощное партизанское движение, используя чрезвычайно выгодные условия местности. Барклай впервые столкнулся с тактикой, которую ему доведется применить в недалеком будущем.
