Внезапное возвращение Наполеона с острова Эльбы несколько расстроило планы Евгения, но в период Ста дней он не принимал никакого участия в событиях, окончательно решив посвятить себя всецело частной жизни. Он занялся упрочением своего благосостояния и подготовкой выгодных браков для своих детей.
Последние годы жизни принц Евгений Богарне жил в своем имении или в Мюнхене, где в построенном им дворце разместилась галерея картин, собранных в Италии, и другие предметы изящных искусств. В начале 1823 года Богарне поразил первый приступ болезни. Это случилось в Мюнхене, и в течение шести недель практически во всех церквах города проходили молебны о даровании ему выздоровления, что наглядно показывает, насколько Евгений был любим людьми. Болезнь отступила, и врачи предписали ему пройти лечение на мариенбадских водах. На какое-то время это помогло, и Евгений вернулся в Мюнхен. Но к концу года его состояние снова ухудшилось – он стал жаловаться на участившиеся головные боли. В ночь на 21 февраля 1824 года Евгений Богарне скончался.
Он похоронен в мюнхенской церкви Св. Михаила. На его памятнике из белого каррарского мрамора работы скульптора А. Кановы высечен данный ему Наполеоном девиз «Честь и постоянство», который Евгений оправдал всей своей жизнью.
Четыре дочери Богарне вышли замуж за представителей царствующих фамилий. Одна из них стала в дальнейшем королевой Швеции, а другая – Бразилии. Старший сын стал мужем королевы Португалии, хотя этот брак был недолгим – через несколько месяцев после свадьбы он скоропостижно скончался.
Другой его сын, Максимилиан, унаследовавший титул герцога Лейхтенбергского, стал в 1839 году мужем дочери императора Николая I великой княжны Марии Николаевны и был включен в число членов российской императорской фамилии.
В конце XIX века представители рода Богарне в России разделились на две ветви. Одна ветвь носила титул князей Романовских, а другая – герцогов Лейхтенбергских, чьи потомки проживают в настоящее время в эмиграции.
