Возобновившаяся преподавательская деятельность Абеляра возбудила волнение церкви, и против Абеляра выступили ученики Ансельма Ланского — Альберик Реймсский и Лотульф Ломбардский. К этому времени и Гильом из Шампо и Ансельм Ланский уже умерли.
Враги Абеляра обвиняли его в том, что, несмотря на вступление в монастырь, он не прекратил занятий философией, хотя это и не подобает монашескому званию, а также в том, что он осмелился читать лекции по богословию, не получив на это предварительного церковного разрешения. Они требовали категорически запретить Абеляру вообще читать какие-либо лекции и добились созыва церковного собора для рассмотрения и осуждения «ошибочного учения» Абеляра.
В доказательство еретических взглядов последнего они ссылались на его богословский трактат, по-видимому, пользовавшийся у учеников Абеляра огромным успехом. Церковный собор был созван в 1121 году в Суассоне, духовенство которого отличалось фанатизмом. Оно доказало это и на Суассонском соборе 1092 года, осудившем учение Росцелина, и во время публичного сожжения представителей суассонской ереси в 1113 году.
Наиболее осторожные участники Суассонского собора пытались несколько отсрочить расправу над Абеляром, стремясь противопоставить ему самых опытных в диспутах богословов и предлагая перенести его дело на суд парижского духовенства. К сторонникам такого решения принадлежал, в частности, видный член «теократической партии», один из ближайших помощников Бернара Клервоского — Готфрид, епископ Шартрский.
Собор осудил взгляды Абеляра как еретические и принудил его публично предать свой собственный богословский трактат сожжению. После этого Абеляр был отправлен в монастырь Св. Медарда, славившийся строгой дисциплиной, и подвергнут в нем как бы заключению. Решения Суассонского собора произвели на него крайне тяжелое впечатление.
От глубокого потрясения, испытанного во время сожжения его книги, Абеляр не избавился уже до конца жизни. Возвратившись в монастырь Сен-Дени, Абеляр погрузился в чтение монастырских рукописей и провел за этим занятием несколько месяцев.
А затем для него вновь наступили беспокойные дни.
