Вспоминая о годах ученичества во 2-й тифлисской гимназии, Флоренский писал: «Страсть к знаниям поглощала все мое внимание и время». Преимущественно он занимался физикой и наблюдением природы. В конце гимназического курса, летом 1899 года, Флоренский пережил духовный кризис. Открывшаяся ограниченность и относительность физического знания впервые заставила его задуматься об Истине абсолютной и целостной.
Этот кризис научного мировоззрения Флоренский описал в главе «Обвал» книги воспоминаний. Он хорошо помнил время («жаркий полдень») и место («на склоне горы по ту сторону Куры»), когда вдруг ему стало ясно, что «все научное мировоззрение — труха и условность, не имеющая никакого отношения к истине».
Поиски истины продолжались и завершились обнаружением простого факта, что истина в нас самих, в нашей жизни «Истина всегда дана была людям, и Она не есть плод научения какой-нибудь книги, не рациональное, а нечто гораздо более глубокое построение, внутри нас живущее, то, чем мы живем, дышим, питаемся».
Первым душевным порывом после духовного переворота было уйти в народ отчасти под влиянием сочинений Л. Н. Толстого, которому в то время Флоренский написал письмо. Родители настояли на продолжении образования и в 1900 году Флоренский поступил на физико-математический факультет Московского университета. Наибольшее влияние на него оказал один из основателей Московского математического общества Н. В. Бугаев. Свое кандидатское сочинение на специальную математическую тему Флоренский предполагал сделать частью большой работы, синтезирующей математику и философию.
