Утром 14 декабря 1825 года Бенкендорф присутствовал на утреннем одевании Николая I (знак особого расположения), который обратился к нему со словами: «Сегодня вечером, может быть, нас обоих не будет более на свете, но, по крайней мере, мы умрем, исполнив наш долг». Он оставался рядом с императором и на Сенатской площади. Затем Бенкендорф возглавил один из отрядов по поимке мятежников, а 17 декабря вошел в состав Следственного комитета по делу декабристов. Отметим, что Александр Христофорович выступал против смертной казни, а в воспоминаниях декабристов нет ни одного плохого слова об этом человеке, зато есть слова о «сердоболии», о «сердечном сострадании и сочувствии к узникам». Декабрист Сергей Волконский, осужденный по 1-му разряду, уезжая за границу, посетил могилу Бенкендорфа, чтобы «поклониться товарищу служебному, другу не только светскому, но не изменившемуся в чувствах, когда я (Волконский) сидел под запорами».
События декабря 1825 года еще более сблизили императора и Бенкендорфа. В течение последующих лет Александр Христофорович всегда сопровождал императора в многочисленных поездках по России. Говорили они о многом, и уже в 1826 году встал вопрос о необходимости создания особого органа тайного надзора за состоянием дел в империи. Вскоре Бенкендорф подал императору официальную записку «Об учреждении высшей полиции под начальством особого министра и инспектора корпуса жандармов». С нее и началась история Третьего отделения Собственной Его Императорского Величества канцелярии. Указ от 25 июня 1826 года сделал Бенкендорфа шефом жандармов и командующим императорской главной квартирой.
В конце 1826 года Александр Христофорович был пожалован в сенаторы и одарен землями в Бессарабской губернии.
Второй период жизни Бенкендорфа неразрывно связан с жизнью императора Николая I. Они всегда были вместе, и часто через шефа жандармов передавались высочайшие указы и важнейшие решения. Но в начале марта 1837 года Бенкендорф неожиданно заболел – ему стало плохо на заседании комитета министров. Весь период болезни император не отходил от постели Александра Христофоровича, и те, кто приходил справиться о здоровье больного, получали сведения лично от императора. В это время Николай I сказал фразу, которая дает оценку деятельности Бенкендорфа: «В течение 11 лет он ни с кем меня не поссорил, а со многими примирил».