Для Шеллинга Гегель оказался находкой. К тридцати годам ничем себя в науке не проявивший, усердный, без амбиций, противник Фихте, вроде бы единомышленник — лучшего соратника трудно себе представить. Способности у них различны (Шеллинг продуцирует идеи, Гегель углубляет их, доводит до конца, систематизирует), характеры несхожи (Шеллинг импульсивен, Гегель рассудителен), но это не мешает им сотрудничать.
Работа Гегеля «Различие между системами философии Фихте и Шеллинга» (1801) поддержала и укрепила Шеллинга в мысли о том, что его натурфилософия не просто ветвь фихтианской теории познания, но содержит в себе новой принцип, и что тождество мышления и бытия есть как основной предмет, так и принцип его подхода. В различных сферах философии и разными способами прокладывает Шеллинг дорогу своей философии тождества в лекциях по философии искусства (читанных в Иене в 1802–1803 годах и в Вюрцбурге — в 1804 и 1805 годах), в курсе лекций «О методе академического изучения» (1802), в философском разговоре «Бруно, или О божественном и естественном начале вещей» (1802), в своем гносеологическом и историко-философском подходе — повсюду проводит он один и тот же принцип.
Шеллинг публикует курсы читаемых им лекций, издает «Журнал спекулятивной физики» (1800–1802) и — в соавторстве с Гегелем — «Критический журнал философии» (1802), печатается даже в таком журнале, как медицине кий ежегодник. Настойчивость Шеллинга в распространении им своих воззрений примечательна в той связи, что саму философию он считает принципиально недоступной «многим», эзотеричной по самому ее существу. Его статья «Иммануил Кант» (1804) появилась сначала просто как газетный очерк. Он пробует различные стили математический (опыт изложения «Философии искусства» по образцу спинозовской «Этики»), диалогический («Бруно»), афористический («Изречения, служащие введением в натурфилософию»), наконец, публицистическо-полемический стиль.
Личные контакты также играют немаловажную роль в деле распространения им своих взглядов, непосредственное общение и переписка с ним оказали большее или меньшее воздействие на таких людей, как Г. Стеффенс, Л. Окен, Д. Велланский, П. Чаадаев. Это стремление сделать свое учение доступным и понятным многим, притом без снижения теоретического уровня, сочеталось у защитника философии тождества, точнее, постоянно боролось в нем с непомерным самомнением и аристократизмом. Излюбленной поговоркой его была строка из Горация «Ненавижу толпу невежд и держусь от нее вдалеке».