Но уже 27 мая 1606 года в Москве вспыхнул открытый бунт против Лжедмитрия. О бунте молодых предупредил Басманов и предложил им спасаться. Разъяренная толпа была уже во дворце, и бежать царице не удалось. Она спряталась в комнате, служившей спальней для женщин ее свиты. Казановская – гофмейстерина Марины Мнишек – сказала ворвавшимся в покои людям, что царицы нет, так как она еще утром отбыла к отцу. Из покоев толпу прогнали подоспевшие бояре, а для охраны царицы поставили стражу, которая вскоре стала охранять ее уже как пленницу. Правда, содержали ее под стражей достаточно пристойно.
После воцарения Шуйского ее вернули отцу. Она держалась бодро, не пала духом и говорила своему окружению, начинающему было ее утешать: «Избавьте меня от ваших безвременных утешений и слез малодушных. Признанная однажды за царицу сего государства, никогда не перестану быть ей».
26 августа Марина с отцом по царскому повелению были отправлены на жительство в Ярославль, куда за ними последовало 375 поляков, включая всех придворных дам и фрейлин Марины. Здесь им было суждено прожить около двух лет. Шуйский – как и сама Марина, и ее отец – помнил, что она – венчанная московская царица. Поэтому с ними было велено обращаться «помягче».
Обстановка позволяла им не только жить более-менее сносно, но и плести интриги против Шуйского, главной задачей которых было убедить всех, что Лжедмитрий жив и что он пока скрывается, выжидая подходящего момента до вступления в борьбу со своими недругами.
скоре Лжедмитрий «объявился» в Самборе, о чем отец радостно сообщает Марине, «позабыв» ей сказать поначалу, что речь уже идет не о ее муже. Марина тем более охотно поверила, что ее нареченный жив, потому что слухов о его чудесном спасении ходило немало. Понемногу Юрий начинает открывать глаза дочери на действительное положение дел. Марина прекрасно понимала, чем ей лично грозит раскрытие обмана. Понимала, что ей придется делить не только трон, но и ложе с ловким авантюристом.
Заключенный на четыре года мир Шуйского с поляками позволил Юрию и Марине вернуться на родину. Но вместо Польши они оказались (по собственному желанию) в лагере Лжедмитрия II, прозванного в дальнейшем Тушинским вором.
