Пытаясь разобраться в вопросах веры, Толстой ведет беседы со священниками и монахами, со старцами в Оптиной пустыни, читает богословские трактаты, и, чтобы в подлиннике прочитать первоисточник христианского учения, он изучает древнегреческий и древнееврейский языки. Вместе с тем он присматривался к раскольникам и различным сектантам. В это время Толстой начинает стремиться к жизни, близкой к природе. Постепенно отказывается он от прихотей и удобств богатой жизни, много занимается физическим трудом, одевается в простейшую одежду, становится вегетарианцем, отдает семье все свое крупное состояние, отказывается от прав на литературную собственность. В произведениях этого периода он проповедует принцип непротивления злу насилием, неучастие в революционной борьбе. Он отрицает все установившиеся формы государственной, общественной и религиозной жизни. Толстой подвергается нападкам, с одной стороны, революционно-демократических деятелей, с другой – государственных чиновников и церкви. Специальным решением Синода он был от церкви отлучен. Определение Святейшего Синода от 20–22 февраля 1901 года гласило: «Известный всему миру писатель, русский по рождению, православный по крещению и воспитанию своему, граф Толстой, в прельщении гордого ума своего, дерзко восстал на Господа и на Христа Его и на святое Его достояние, явно перед всеми отрекшись от вскормившей и воспитавшей его матери, церкви православной, и посвятил свою литературную деятельность и данный ему от Бога талант на распространение в народе учений противных Христу и церкви, и на истребление в умах и сердцах людей веры отеческой, веры православной, которая утвердила вселенную, которой жили и спасались наши предки и которой доселе держалась и крепка была Русь святая. 
В своих сочинениях и письмах, во множестве рассеваемых им и его учениками по всему свету, в особенности же в пределах дорогого отечества нашего, он проповедует, с ревностью фанатика, ниспровержение всех догматов православной церкви и самой сущности веры христианской: отвергает личного живого Бога, в святой Троице славимого, Создателя и Промыслителя вселенной, отрицает Господа Иисуса Христа – Богочеловека, Искупителя и Спасителя мира, пострадавшего нас ради человеков и нашего ради спасения и воскресшего из мертвых; отрицает бессменное зачатие по человечеству Христа Господа и девство до рождества и по рождестве Пречистой Богородицы Приснодевы Марии, не признает загробной жизни и мздовоздаяния, отвергает все таинства церкви и благодатное в них действие Святого Духа и, ругаясь над самыми священными предметами веры православного народа, не содрогнулся подвергнуть глумлению величайшее из таинств, святую Евхаристию». Поэтому «церковь не считает его своим членом и не может считать, доколе он не раскается и не восстановит своего общения с ней».
Несмотря на отрицание Толстым революционной борьбы, он сочувствовал борцам против произвола и угнетения. Толстой предчувствовал революционные события 1905 года, а когда революция началась, он сказал, что «она будет иметь для человечества более значительные и благотворные последствия, чем Великая французская революция». После поражения революции Лев Николаевич выступал с гневными статьями, в которых обличал жестокость правительства, а в письме, посланном Толстым Николаю II, он обвинил царя в деспотизме и заявил, что тому не удастся удержаться у власти. Толстой также требовал прекращения преследования и казней участников революции и передачи земли крестьянам.
