На собственные средства Огиньский сформировал конный егерский полк и стал его командиром. Во главе полка он принял участие в нескольких сражениях и заслужил благодарность революционного правительства. В то же время им было написано несколько революционных песен и маршей. Позднее, в «Письмах о музыке» он писал: «Я сочинил марш для моего отряда стрелков со словами, и с тех пор этот марш исполнялся во многих полках. Я писал также военные и патриотические песни, которые пользовались большим успехом, так как возбуждали храбрость, энергию и энтузиазм моих товарищей по оружию». Предположительно, именно Огиньский был автором музыки боевой песни «Еще Польша не погибла», ставшая национальным гимном страны.
Восстание 1794 года было подавлено. Костюшко попал в плен, многие повстанцы погибли в сражениях, другие сдались преследовавшей их русской армии. Огиньский с группой патриотов сумел добраться до Вены, а в середине декабря 1794 года он перебрался в Венецию, где находилась значительная часть польских эмигрантов.
Встав во главе тех, кто желал продолжить борьбу за независимость Польши, Огиньский начал искать союзников. Он наладил связь с польским эмиграционным центром в Париже, поддерживал контакты с Варшавой, искал и встречался с теми, кто был враждебно настроен к России.
Огиньский побывал во многих итальянских городах – Риме, Падуе, Флоренции, и везде налаживал контакты с польскими эмигрантами. Центр польских повстанческих сил находился в Париже. Вскоре было принято решение о создании в некоторых крупных городах сети тайных агентов, и Михал Клеофас в качестве такого агента был направлен центром в Турцию. В Константинополе он провел более полугода. Он вел переговоры с властями, надеясь на то, что Турция начнет войну с Россией и Австрией, что поможет Польше снова стать свободной, но убедился, что никакой надежды на успех нет.
В самой Польше к тому времени возникли внутренние разногласия, и Огиньский был туда направлен центром. Живя на родине под вымышленным именем (он выдавал себя за композитора Рачиньского), Михал Клеофас посетил Львов и Краков и провел переговоры от имени комитета итальянских патриотов. В феврале 1797 года он прибыл в Париж, где вошел в состав группы «Польской депутации», ведущей переговоры с революционным правительством Франции.
