Шеллинговская концепция быстро завоевывала признание и в кругах ученых. В лице крупного исследователя в области минералогии норвежца Генриха Стеффенса Шеллинг обрел в 1798 году первого значительного союзника из среды естествоиспытателей. Найдя в философии природы обоснование медицинских взглядов на Броунову теорию раздражимости, бамбергская школа врачей признала Шеллинга своим главой, и медицинский факультет баварского университета избрал его своим почетным доктором (1800).
Лекции Шеллинга стали сенсацией. Слава и успех сопутствовали ему, число слушателей на его лекциях заметно увеличивалось. Их посещали будущий естествоиспытатель и натурфилософ Лоренц Окен и один из первых русских шеллингианцев, петербургский натурфилософ Данило Михайлович Велланский.
В1800 году появляется работа Шеллинга «Система трансцендентального идеализма». Автор говорит о натурфилософии и трансцендентальной философии как о двух науках, с необходимостью дополняющих друг друга. Если смотреть на мир, исходя из природы, как это делает натурфилософия, то на первом плане оказывается объективная, материальная сторона действительности. 
Но чем выше мы поднимаемся по лестнице природных форм, указывает Шеллинг, тем организованнее природа, тем больше в нее «проникает закономерность», а значит, ее «необходимой тенденцией» является «одухотворение». Природное развитие завершается появлением человеческого сознания.
В январе 1801 года вышел очередной номер «Журнала умозрительной физики» со статьей Шеллинга «Об истинном понятии натурфилософии». «Как будто идешь в сумерках по знакомой дороге, ориентируешься безошибочно, хотя окружающих предметов не видно», — отозвался Гете об этой статье. Гегель, исчезнувший из поля зрения Шеллинга однокашник, вновь дал о себе знать осенью 1800 года. Шеллинг принял живое участие в судьбе университетского друга. Помог переехать в Иену, поселил у себя. Гегель прошел габилитацию (первым оппонентом на диспуте был Шеллинг) и в качестве приват-доцента начал читать курс.
