В 77 году до н э. он был отправлен против Лепида на север Италии, где осадил Мутину. Лепид не смог противостоять Помпею и бежал в Сардинию, где и скончался. Однако Помпей не пожелал распускать армию, с которой воевал против Лепида, и стал ожидать полномочий для отправки в Испанию против Сертория и Геренния. Но поскольку Помпей никогда еще не находился ни на одной из гражданских должностей, сенат не решался на это назначение и уступил только вынужденной необходимости.
Получив наместничество в восточной Испании, поскольку в западной Испании в это время стояли войска Метелла, Помпей летом 77 года до н э. перешел Альпы и осенью вышел на левый берег Эбро. Серторий попытался не допустить соединения противников и не пропустить Помпея за Эбро, однако его позиции оказались прорванными, а в сражении при Валенции Геренний был разбит, потеряв более 10 тысяч человек.
В 75 году до н э. Метелл двинулся в восточную Испанию для соединения с Помпеем. И Серторий, и Помпей хотели, чтобы сражение произошло до подхода войск Метелла. Серторию было невыгодно соединение сил противника, а Помпей не желал делить славу победителя с другим полководцем. Их встреча произошла на реке Сукроне, день близился к закату, и сражение началось уже вечером. Исход этой битвы в первый день не был определен, ни одному из полководцев не удалось одержать полной победы. Помпей в ходе сражения получил ранение и чуть не был взят в плен. На следующий день оба полководца снова выстроили войска для продолжения битвы, но в это время к Помпею подошли легионы Метелла, и Серторий приказал своим войскам рассеяться.
В 74–73 годах до н э. борьба на Эбро шла с переменным успехом – легких побед не было. Она закончилась лишь на следующий год со смертью Сертория, которого убили во время пира его же военачальники. Последние отряды серторианцев были распущены Помпеем. Перперна, воевавший на стороне Сертория, был взят в плен, и испанские города стали открывать ворота перед войсками Помпея. Война в Испании не принесла Помпею новой славы, поскольку он играл в ней второстепенную роль, не проявляя прежней решительности и быстроты. Причиной этого было небрежное отношение к нему сената, не посылавшего своевременно в армию денег, боеприпасов и провианта.
После возвращения в Италию Помпей участвовал в заключительном этапе борьбы с восставшими рабами под руководством Спартака. К моменту его прихода основные силы восставших были уже разгромлены Крассом, но слава победителя Спартака досталась Помпею. Затем он соединился с оптиматами, которым обещал в случае достижения консульства провести законы в демократическом духе с целью отмены конституции Суллы. Подойдя с войском к Риму, Помпей потребовал себе консульства и триумфа, а солдатам – предоставления земельных участков. Это позволило ему выиграть выборы. Согласно новым правилам, принятым по предложению Помпея, народные трибуны восстанавливались в своих правах, всадники получали одинаковое с сенаторами право участия в судах, цензорам возвращена была прежняя власть.
