В августе он был произведен в контр-адмиралы и назначен директором департамента корабельных лесов. Через два года к этой должности прибавилась еще одна – Фердинанд Петрович избирается заведующим делами русских колоний в Америке, а с 1840 года и главным директором Российской североамериканской кампании.
Врангелю принадлежит выдающаяся роль в создании Русского географического общества. Вопрос о его организации начал обсуждаться в 1844 году. Им и его сподвижниками, Литке и Бэром, были разработаны проект и устав общества. И 7 октября 1845 года состоялось первое собрание членов общества. Врангель был избран председателем отделения общей географии. При обществе им был создан особый комитет, занимающийся вопросом о снаряжении научной экспедиции в Русскую Америку.
В 1849 году из-за разногласий с начальником Морского штаба Меншиковым Фердинанд Петрович подает в отставку и уезжает в свое имение Руиль в Эстляндской губернии. Но его опыт и знания вскоре снова были востребованы правительством – 58-летний контр-адмирал стал директором департамента гидрографии, затем председателем комиссии по пересмотру морских уголовных законов. В 1855 году он выбирается председателем ученого комитета и инспектором штурманов.
Чин адмирала Врангель получил в 1856 году, и в том же году он стал управляющим морским министерством. Его кипучая деятельность, огромная энергия и воля и также колоссальная работоспособность позволяли ему успевать делать множество дел. По его инициативе был создан Технический комитет, ведавший вопросами технического перевооружения флота. Он уделяет много внимания и недавно созданному журналу «Морской сборник». Врангель ставит вопрос о необходимости развития на Черном и Каспийском морях купеческого транспортного флота, назначает морских офицеров городовыми начальниками в портах на Черном и Азовском морях. Непомерное напряжение сил подорвали его здоровье, и в 1864 году Врангель окончательно выходит в отставку.
Узнав о продаже русским правительством Аляски в 1867 году, Фердинанд Петрович весьма отрицательно отнесся к этому. Последние шесть лет жизни он провел в уединении, но не переставал заниматься научной деятельностью. Ежедневно, пока мог выходить из дома и снимать показания приборов, он вел метеорологические наблюдения и запись в дневнике.
Весной 1870 года он решил посетить места, где прошло его детство. На обратном пути в Руиль он заехал к брату в Дерпт. Здесь он и скончался 6 июня 1870 года. Его последними записями стали воспоминания о создании Русского географического общества, начатые им по просьбе К.М. Бэра и законченные за несколько часов до смерти.
Именем Врангеля названы остров в Северном Ледовитом океане, гора и мыс на Аляске.
