К этому времени еще не была завершена работа над рукописями. Готовилось второе издание книги «История изучения жизни Иисуса». Кроме того, Швейцер работал над второй частью «Истории исследования учения Павла» и беспрестанно отвечал на письма из разных городов и церковных общин, авторы которых просили у него совета по вопросам органостроения. Альберт Швейцер не справился бы с таким объемом работы, не будь у него верной и толковой помощницы в лице Елены Бреслау.
Однако самой неотложной задачей оставалось написание диссертации по медицине. Швейцер избрал для нее любопытную тему: «Психиатрическая оценка личности Иисуса».
В 1913 году Швейцер с женой отплыли в Африку, по поручению Парижского миссионерского общества они должны были основать больницу при миссии в Ламбарене (Французская Экваториальная Африка, ныне Габон). Потребность в его услугах была огромной. Не получая медицинской помощи, туземцы страдали от малярии, желтой лихорадки, сонной болезни, дизентерии, проказы. В первые же девять месяцев Швейцер принял 2 тысячи больных. В 1917 году Швейцер и его жена, как германские подданные, были интернированы во Францию до конца первой мировой войны. В 1919 году у них родилась дочь Рена.
После освобождения Швейцер провел еще семь лет в Европе. Истощенный, больной, измученный необходимостью выплачивать долги по Ламбарене, он работал в муниципальной больнице в Страсбурге. Кроме того, он возобновил органные концерты. С помощью архиепископа Натана Сёдерблю Швейцер в 1920 году давал концерты и читал лекции в Упсальском университете и других местах.
