Однажды мыслитель был приглашен епископами Гинкмара из Реймса и Пардула из Лиона на диспут по вопросу о предназначении человека. Считалось, что одним людям судьбой неизбежно предназначен ад, другим — спасение в раю. В связи с этим Эриугена написал работу «О божественном предназначении», в которой доказывал, что человеку не может быть предназначен рай или ад, ведь главное, чем Бог наградил человека, — это свобода выбора. А поскольку Бог изначально Добр, то он предопределяет человека к выбору Добра. Поэтому в конечном счете все, включая Сатану, вернутся к Богу. Работа получилась нетрадиционной и была признана церковью еретической. Это сочинение, в котором решение спорного вопроса давалось с отвлеченно-философской точки зрения, и допускались явные вольности в истолковании некоторых мест в творениях Августина Блаженного, вызвало бурю негодования со стороны франкских богословов.
Учение философа показалось опасной ересью и стало предметом резких опровержений, затем было осуждено на соборах в Балансе (855) и Лангре (859), папа Николай I выразил свое согласие с последним собором, где осуждались взгляды Эриугены.
Несмотря на единодушное осуждение церковью его сочинения о предопределении, Эриугена по-прежнему пользовался расположением короля и при его дворе проводил свои философские занятия. В Ирландии он в совершенстве овладел греческим и латинскими языками и наслаждался трудами древних авторов, восхищаясь ходом их мыслей.
Из греческих авторов наибольшее влияние оказал на Эриугену Псевдо-Дионисий (возможно, он был судьей в Ареопаге, где состоялась встреча с апостолом Павлом). Когда выяснилось, что сочинения были скомпонованы много позже автором неоплатонической формации, то появилась приставка «псевдо». В центре размышлений Псевдо-Дионисия — Бог, познание которого начинается позитивным образом, а заканчивается негативным. Сначала ему приписывается все лучшее и простое тварного мира, затем последовательно отрицается. Бог — по ту сторону любого понятия, выше человеческого познания. Он сверхбытие, сверхсущность, сверхдоброта, сверхжизнь, сверх-дух.
По поручению короля Эриугена переводит произведения св Псевдо-Дионисия Ареопагита. Возможно, это поручение связано также со спором о предопределении, так как оппоненты в качестве доказательства своей правоты ссылались именно на авторитет Дионисия, используя сомнительный перевод аббата Гильдуина из Сен-Дени.
