15 сентября 1898 года директор Румянцевского музея Михаил Алексеевич Веневитинов подписывает прошение Николая Федоровича об отставке. Этому акту предшествовали почти полугодовые попытки отговорить шестидесятидевятилетнего Федорова от этого шага: его упрашивала дирекция, писали письма сотрудники и читатели. Попытки вернуть Николая Федоровича продолжались и после его окончательного ухода.
Официальной мотивировкой ухода было ухудшение здоровья, впрочем, вполне реальное, но внутреннее побуждение оставалось все то же отдать оставшиеся силы исключительно Делу.
Последние пять лет жизни Федорова чрезвычайно плодотворны: фактически все работы, входящие во второй (опубликованный) и третий (неопубликованный) том его трудов, написаны в это время. И главное — он предпринимает вторую после «Вопроса о братстве… «попытку целостного изложения своего учения: «Супраморализм, или Всеобщий синтез», основную часть которого составляют двенадцать пасхальных вопросов, двенадцать блистательных сгустков, микрокосмов его мысли, вобравших в свои глубочайшие формулы истины активного христианства. Это своеобразный образец нового «евангелия» такого христианства.
Федоров живет главным образом в Москве, летом перемещаясь в Сергиев Посад. В последние годы жизни он вынужден был вновь поступить на службу в архив Министерства иностранных дел — пенсия была так мала, что ее не хватало даже при мизерных потребностях Николая Федоровича. В архиве он встретил не просто уважение к своим деловым и личным достоинствам, но был согрет особо внимательно-любовным, родственным отношением, какого ему недоставало всю жизнь. И в эту свою последнюю службу Николай Федорович не мог не внести одушевление своего Идеала. Ему виделось учреждение, призванное заняться изучением причин розни, вражды, небратства, накопившихся между странами и народами, и возникало видение будущего Министерства международных сношений и международного дела с архивом, превращающимся в Международный музей мира.
