Но у польского короля Сигизмунда III были свои виды на русский престол. Филарет, возглавлявший послов, категорически отклонил решение польского короля самому занять русский престол и «православие соединить с латынством» и решительно отстаивал свои требования. Чтобы «усмирить» послов, их отправили в Польшу как пленников. К тому же Сигизмунд получил известие о подходе к Москве народного ополчения.
Филарет провел в польском плену девять лет. В это время в России происходили исторические события, о которых он узнавал, сумев наладить тайную переписку с боярином Шереметевым, который возглавил партию сторонников сына Филарета – Михаила Федоровича Романова. После изгнания из Москвы польских интервентов, жена и сын Филарета выехали в свою вотчину под Кострому, а затем обосновались в Ипатьевском монастыре.
В феврале 1613 года в Москве был созван избирательный Земский собор для принятия соглашения об избрании нового царя. На заседаниях собора присутствовало более 700 человек, представлявших разные сословия – бояре, представители духовенства, ополченцы-казаки, купцы и даже государственные крестьяне. Каждая партия выдвигала своего кандидата. Назывались в качестве претендентов князья Ф.И. Милославский, В.В. Голицын, Д.М. Пожарский, иностранные королевичи Владислав и Карл-Филипп, сын Марины Мнишек и другие. На первых же заседаниях были отклонены иностранные королевичи и сын Мнишек – «воренок Иван». Голицын находился в польском плену, а Милославский был стар и бездетен, Пожарский, по мнению бояр, был «слишком худороден». И тогда вспомнили о Романовых. Шестнадцатилетний Михаил, лично не причастный к раздорам Смуты и пострадавший от нее, имел сторонников среди всех сословий. Кроме того, его права на престол как двоюродного племянника царя Федора Иоанновича выглядели вполне законными. И 21 февраля 1613 года было официально оглашено имя нового избранника. В Ипатьевский монастырь было направлено представительное посольство, которое возглавили рязанский архиепископ Феодорит и боярин Ф.И. Шереметев. Узнав о своем избрании, Михаил Федорович решительно отверг предложение стать царем, заявив, что не годится для престола. Его поддержала и мать – инокиня Марфа, сказав, что не благословит сына на царство. Только после долгих уговоров и убеждений Михаил дал согласие, а мать благословила его иконой Федоровской Богоматери и разрешила Феодориту осуществить обряд наречения на царство своего сына. Накануне своего 17-летия, 11 июля 1613 года, Михаил Федорович Романов венчался на царство в Успенском соборе Московского Кремля.