Осенью 1805 года должны были начаться военные действия против Австрии, и Евгений Богарне очень надеялся, что император призовет его, и даже намекал Наполеону о своем желании. Но тому было выгоднее оставить принца на посту вице-короля. Командование армией он поручает маршалу Массене.
2 января 1806 года Наполеон женил Евгения на дочери баварского короля принцессе Августе, а два дня спустя усыновил его с титулом «Евгения Наполеона французского».
В кампании 1809 года Богарне в первый раз самостоятельно возглавлял войска, получив должность главнокомандующего армией, действовавшей в Италии.
Первое сражение при Сачиле завершилось для него, как полководца, неудачно. Когда же победы Наполеона в Германии заставили австрийские войска начать отступление от Тироля, Богарне энергично преследовал их и после блестящего кавалерийского сражения у селения Папа 2 июля под крепостью Раабом разбил 50 тысяч австрийцев, отбросив их к Коморну.
24 июня во время кровопролитного Ваграмского сражения войска Богарне составляли центр расположения французских войск. Здесь войска Евгения Богарне покрыли себя славой, отняв у противника два знамени и восемь орудий.
После Ваграмского сражения Богарне был послан в Тироль для усмирения вспыхнувшего там восстания. По возвращении оттуда он получил приказ сформировать для похода в Россию вспомогательный Итальянский корпус, который должен был войти в состав IV корпуса, поступавшего под его командование.
Во главе этого корпуса Богарне перешел Неман. Несмотря на свое нерасположение к Мюрату, он энергично и искусно поддерживал его 12–14 июля в бою под Островной, а во время Бородинского сражения войска Евгения действовали против «батареи Раевского» и овладели ею.
Когда началось отступление Великой армии, Богарне шел в авангарде и, заняв Малоярославец, с 18 тысячами человек держался в нем целый день против армии Кутузова. Под Вязьмой Богарне спас корпус Даву от уничтожения, своевременно придя ему на помощь. Не доходя до Духовщины, окруженный казаками и не имея более запряжек, Богарне был вынужден бросить часть своих орудий в реку Вопь.
4 ноября, пробившись после целого дня боя к Орше, он на следующий день повернул назад, чтобы идти на помощь корпусу Нея, отрезанному под Красным, и привел остатки его к императору.
23 ноября после переправы через Неман Наполеон покинул армию, поручив командование Мюрату. Но 5 января 1813 года Мюрат также уехал в свое королевство, сдав командование Богарне, на плечи которого лег тяжелый труд по собиранию того, что осталось от Великой армии. Он должен был отвести войска в Магдебург, заготовить продовольствие для крепостей на реке Одер, устроить магазины в Глогау и Кюстрине и сосредотачивать польские войска.
19 апреля Богарне двинулся на соединение с Наполеоном к Лейпцигу. С непрерывными боями он подошел 26 апреля к Дрездену, но в самый день занятия его получил от императора приказ отправиться в Италию и сформировать там армию. Исполнив это поручение, Евгений Богарне в июле с новой армией (45 тысяч пехоты и 1, 5 тысячи конницы) направился к восточной границе Итальянского королевства и здесь выдержал несколько боев с австрийскими войсками.
