После долгого и изнурительного перехода через Кордильеры 10 июля 1819 года Боливар вошел в Санта-Фе и провозгласил объединение Новой Гранады и Венесуэлы в единое государство под наименованием «Республика единой и нераздельной Колумбии». После этого он возвратился в Ангостуру, где 17 декабря 1819 года добился от конгресса признания союза обоих государств.
Благодаря вспыхнувшей в 1820 году революции в Испании дело освобождения испанских колоний пошло гораздо быстрее. Испанские войска терпели одно поражение за другим. Боливар постепенно овладел Меридой, Трухильо, Санта-Мартой и 24 августа 1821 года нанес решительное поражение испанцам при Карабобо. 22 мая 1822 года Кито вошел в республиканский союз колумбийских провинций, а в ноябре 1823 года испанцы были изгнаны с территории Колумбии.
В то же время Боливар, уполномоченный национальным конгрессом, вступил в Перу и 1 сентября 1823 года овладел Лимой, где был избран диктатором. В 1824 году Боливар разбил испанцев, успевших захватить Лиму, и заставил их капитулировать. Вся страна была объявлена независимой и получила название Боливии в честь своего освободителя. Капитуляция 11 августа 1826 года отняла у испанцев их последнее владение – Кальяо.
После окончания войны Боливар занялся организацией внутреннего управления государства. 25 мая 1826 года он представил конгрессу в Лиме свой Боливийский кодекс.
По замыслу Боливара образовывались Южные Соединенные Штаты, в которые должны были войти Колумбия, Перу, Боливия, Ла-Плата и Чили. 22 июня Боливар созвал в Панаме конгресс из представителей всех этих государств, который, однако, вскоре распался из-за губительного действия лихорадки.
Вскоре после того как проект Боливара получил широкую известность, его начали обвинять в желании создать империю под своей властью, где он станет играть роль Наполеона. В Колумбии начались партийные раздоры. Часть депутатов во главе с генералом Паэсом провозглашали автономию, другие хотели принять Боливийский кодекс.Боливар быстро прибыл в Колумбию и, приняв на себя диктаторские полномочия, созвал 2 марта 1828 года в Оканье национальное собрание с целью обсуждения вопроса: «Должна ли быть преобразована конституция государства?» Конгресс не мог прийти к окончательному соглашению и после нескольких заседаний закрылся.
