Несмотря на то что он придавал большое значение науке и технике в жизни человека, Бэкон считал, что успехи науки касаются лишь «вторичных причин», за которыми стоит всемогущий и непознаваемый Бог. При этом Бэкон все время подчеркивал, что прогресс естествознания хотя и губит суеверия, но укрепляет веру. Он утверждал, что «легкие глотки философии толкают порой к атеизму, более же глубокие возвращают к религии».
В последний год своей жизни Бэкон напечатал последнее, самое полное издание «Опытов» и перевод нескольких псалмов в стихах. О своем поэтическом таланте он и сам был невысокого мнения.
2 апреля 1626 года была холодная погода, шел снег Бэкон катался в экипаже с медиком короля, и ему пришла мысль испытать действие снега на предохранение от гниения органических веществ. Он вышел из экипажа и, купив у одной крестьянки зарезанную курицу, тут же собственноручно обложил ее снегом. По всей вероятности, от этого он простудился, причем заболел так быстро, что вынужден был остановиться в доме графа Арунделя. Он написал письмо графу, извиняясь, что поселился в его доме без спроса.
Это было последнее письмо Бэкона, в нем есть и такие строки «Я чуть было не подвергся участи Плиния, который умер, приблизившись к Везувию, чтобы лучше наблюдать извержение». В конце письма он сообщает графу, что опыт как нельзя более удался. Ему было тогда шестьдесят шесть лет.
Его похоронили в церкви Св. Михаила, где покоилась его мать. Бэкон не оставил посте себя потомства, жена пережила его и вышла замуж за другого. Один из его друзей поставил ему памятник из белого мрамора, на котором он представлен сидящим и погруженным в мыслительный процесс.
За пять месяцев до своей смерти Бэкон сделал распоряжения относительно своего имущества и своих сочинений и написал духовное завещание, в котором солидную сумму выделил на учреждение двух кафедр реальной философии в Оксфордском и Кембриджском университетах. В этом завещании Бэкон не забыл никого из своих друзей и позаботился наградить своих слуг. Он отказал также порядочную сумму леди Кук (урожденная леди Геттон) и ее двум детям. В дополнении к завещанию Бэкон лишил большей части наследства свою жену «вследствие уважительных и важных причин».
