20 мая 1579 года Бруно был записан в «Книгу ректора» Женевского университета. Университет готовил проповедников новой веры. Каждый студент при поступлении произносил исповедание веры, содержащее основные догматы кальвинизма и осуждение древних и новых ересей. Статуты университета запрещали малейшее отклонение от доктрины Аристотеля.
Уже первые выступления Бруно на диспутах навлекли на него подозрения в ереси. Но, несмотря на это, он напечатал памфлет, содержащий опровержение 20-ти ошибочных положений в лекции профессора философии Антуана Делафе, второго человека в Женеве, ближайшего соратника и друга самого Теодора Безы — главы кальвинистской общины. Тайные осведомители донесли городским властям о печатавшейся брошюре, и автор ее был схвачен и заключен в тюрьму. Выступление Бруно рассматривалось женевским магистратом как политическое и религиозное преступление.
Он был отлучен от церкви, подвергнут унизительному обряду покаяния и сразу же после освобождения из тюрьмы, в конце августа 1579 года, уехал из Женевы. Из Лиона, где знаменитые типографы не нуждались ни в его рукописях, ни в его опыте корректора, Бруно перебрался в Тулузу.
«Здесь я познакомился с образованными людьми». Среди них был португальский философ Ф. Санчес, подаривший Бруно только что вышедшую в свет в Лионе книгу «О том, что мы ничего не знаем». Объявленный Бруно конкурс лекций о сфере привлек многочисленных слушателей. А когда освободилась должность ординарного профессора (получить степень магистра искусств было нетрудно), Бруно был допущен к конкурсу и стал читать курс философии.
В Тулузе никто не требовал от него исполнения религиозных обрядов, но университетский устав предписывал строить преподавание по Аристотелю, а Бруно разрабатывал свою философскую систему. Выступления против схоластической традиции ему простить не могли; лекции Бруно и попытка выступить с диспутом вызвали злобное возмущение его университетских коллег. Возобновившиеся на юге Франции военные действия между католиками и гугенотами и усиление католической реакции в Тулузе положили конец этому первому опыту университетского преподавания Бруно.
В конце лета 1581 года Бруно прибыл в Париж. Факультет искусств знаменитой Сорбонны когда-то славился свободомыслием своих профессоров, чьи труды по математике и астрономии готовили кризис аристотелизма. Теперь здесь царил богословский факультет: его решения приравнивались к постановлениям церковных соборов.
