Беда философа — стремление создать систему, ибо логическая дедукция мира невозможна. Философский путь о. Сергия логично привел его к богословским трудам, которым он посвятил себя в последние годы жизни. По своим политическим убеждениям он монархист. О «христианском социализме» он слышать теперь не хочет, ибо любой социализм означает насилие и безбожие. Иное дело социальное христианство, соборная ответственность за тебе подобных. Человеческая душа — христианка.
Булгаков — необходимое звено в развитии русской идеи. Он не оставил, подобно другим, специального труда, посвященного этой проблеме, но осветил отдельные ее аспекты всесторонне и глубоко. Основной вывод, сделанный им при этом, — философия русской идеи неизбежно смыкается с православием.
В 1925 году в Париже создается Православный Богословский институт. В июле этого года Булгаков переезжает в Париж, чтобы возглавить кафедру догматического богословия. На долгие годы он становится одним из ведущих православных богословов зарубежья. Наиболее значительными работами этих лет являются две знаменитые трилогии, в которых были выражены основы богословских воззрений Булгакова: «Купина Неопалимая» (1927), «Друг Жениха» (1927), «Лестница Иаковля» (1929), «Агнец Божий» (1933), «Утешитель» (1936), «Невеста Агнца» (1945).
Защита софиологического понимания догматов христианства вызвала полемику, а позже суровое осуждение Булгакова в ереси со стороны митрополита Сергия (Москва), имевшего, впрочем, под руками лишь обстоятельные выписки из его труда, сделанные противниками Булгакова. Митрополит Евлогий, как ректор Богословского института, счел нужным создать особую комиссию для уяснения вопроса о «еретичестве» Булгакова, доклад комиссии был, в общем, благоприятным для автора, который мог дальше продолжать свое преподавание в Богословском институте.
Весной 1939 года Булгаков перенес тяжелую операцию (у него был рак горла). Операция была удачной, но голосовые связки были удалены — однако через несколько месяцев Булгаков мог говорить (почти шепотом), мог совершать литургию и даже читать лекции.