Блез не мог упрекнуть себя ни в первом, ни в третьем «грехе», но во втором… он считал себя очень виновным. Именно бескорыстная страсть к познанию сжигала его многие годы. Все дело его жизни оказывалось неугодным Богу, и он стал думать о «напрасно прожитых» годах. Угрызения совести мучили его — он решил покинуть науку и посвятить всю оставшуюся жизнь только Богу.
Обаяние янсенизма для нравственно чуткого Блеза было связано также с борьбой его представителей против иезуитов, их концепции «ослабленной морали» и попустительствующей порокам людей «исповедальной практики». Иезуитизм стал для Паскаля синонимом религиозного и нравственного нечестия.
Летом 1647 года Блез был вынужден в сопровождении Жаклин отправиться в Париж для лечения. В сентябре больного Паскаля навестил прибывший на родину Декарт. Великий философ с большим сочувствием отнесся к болезни Паскаля, дал ему ряд своих «домашних рецептов» для укрепления здоровья. К сожалению, Блез с трудом мог говорить и едва поддерживал разговор.
Паскаль обращается к экспериментам в области физики. «Природа боится пустоты» — такова была одна из догм средневековой науки, которой, в частности, объясняли поднятие воды в насосе. «Боязнь пустоты» считалась абсолютной, так что вода за поршнем в трубах, например, фонтанов, казалось, могла взметнуться вверх «хоть до облаков». Но это теоретическое предположение не оправдало себя на практике. Ученик Галилея Торричелли считал давление воздуха причиной подъема воды за поршнем и удержания столба ртути в трубке. Так Торричелли на уровне гипотезы подорвал пресловутую догму о «боязни пустоты» как причине поднятия воды за поршнем. Более того, Торричелли доказал, что природа вовсе «не боится» пустоты и «спокойно ее терпит», например над уровнем ртути в трубке, — ее стали называть «торричеллиевой пустотой».
Новым экспериментом Паскаль неопровержимо подтвердил гипотезу Торричелли. Но сначала он в разных вариантах повторил опыт итальянского ученого. Это случилось еще в Руане в октябре 1646 года. Паскаль экспериментировал с разными жидкостями (маслом, вином, водой, ртутью и др.), получая в разных объемах пустоту и не без удовольствия демонстрируя это сенсационное по тому времени явление перед друзьями и знакомыми и даже прямо на улице перед жителями Руана. Свои взгляды он изложил в небольшом трактате «Новые опыты, касающиеся пустоты», увидевшем свет в октябре. Здесь Паскаль еще стоит на точке зрения «боязни пустоты», но считает эту «боязнь» ограниченной и вполне измеримой величиной, равной силе, с которой вода, поднятая на высоту 31 фута, устремляется вниз.