Четыре легиона (20 тысяч) во главе с Лабиеном были посланы на север, а сам Цезарь вместе с шестью легионами (30 тысяч) двинулся к Герговии, около которой стояли галлы под командованием Верцингеторига. Несмотря на все попытки Цезаря овладеть Герговией, галлы продолжали сопротивляться, и Цезарь, понеся большие потери, отступил. Это крайне неблагоприятно повлияло на отношения остальных галльских племен к Риму, авторитет которого стал падать в их глазах.
Цезарь вновь сгруппировал свои силы и повел преследование армии Верцингеторига. Он вступил в контакты с вождями германских племен и нанял у них людей для своей конницы, которая смогла противостоять коннице галлов. Верцингеториг попытался вступить с Цезарем в сражение, но потерпел полное поражение. Вождю галлов пришлось вернуться к своей прежней тактике и начать наносить удары по римским тылам, опираясь на хорошо укрепленные крепости.
Главным центром галльского сопротивления стала Алезия, вокруг которой были возведены мощные укрепления. Вскоре после начала осады Алезии Цезарем на помощь осажденным пришла новая галльская армия, которая, в свою очередь, окружила войска Цезаря. Борьба была жестокой и кровавой, но в конечном итоге завершилась победой Цезаря. Падение Алезии привело к тому, что галльское войско разбежалось, а сам Верцингеториг сдался Цезарю, был доставлен им в Рим, где был казнен во время одного из его триумфов.
Опасаясь повторения восстания, Цезарь предпринял целый ряд мероприятий по умиротворению местного населения. На протяжении нескольких лет Галлия не объявлялась провинцией Рима, а галльское население считалось союзным Риму. Сбор налогов осуществлялся представителями местной знати из проримски настроенных людей. Знатные галлы получили от Цезаря земли, рабов и права римского гражданства. На плодородных землях Галлии были основаны римские колонии, постепенно галльские крепости превращались в римские города.
В это время Помпей, попавший под влияние олигархов и стремившийся к единоличной власти, предпринял первые шаги, направленные против Цезаря. Он подготовил проект законопроекта, согласно которому Цезарь должен был распустить свои легионы, сложить с себя власть и предстать перед судом с отчетом о своих действиях в Галлии.