Денег на организацию этой экспедиции не хватало, поэтому для столь сложного путешествия пришлось использовать суда, которые в то время оказались на ходу. Перед отплытием капитан Шомарей получил специальную инструкцию министра дю Бушажа, предупреждавшую о том, что надо успеть доплыть до Сенегала до наступления сезона ураганов и дождей. На пути корабли должны были пройти мыс Блан (Белый), но мыса с характерной белой скалой не было. Капитан Шомарей не придал этому никакого значения, но на следующий день ему пришлось отвечать перед экипажем и он сказал, что накануне они вроде проплыли что-то похожее на мыс Блан. Впоследствии он все свои рассуждения и объяснения строил на том, что он действительно видел этот мыс. На самом деле «Медузу» ночью отнесло к югу, курс был выправлен только к утру, так что фрегат никак не мог пройти этот мыс. Каравелла «Эхо», не отклоняясь от курса, утром обогнала «Медузу».
В роковую ночь с 1 на 2 июля Шомарей ни разу не поинтересовался, как идет корабль, лишь к утру был слегка удивлен исчезновением «Эхо». Он даже не попытался выяснить причины ее исчезновения. Другие корабли, сопровождавшие фрегат, отстали еще несколько дней назад.
А каравелла «Эхо» продолжала следовать правильным курсом, «Медуза» двигалась в том же направлении, но ближе к берегу. Шомарей приказал измерять глубину морского дна и, не нащупав его, решил, что может беспрепятственно вести корабль к берегу. Несмотря на многочисленные предостережения членов экипажа о том, что корабль находится в районе Аргуинской отмели, капитан «Медузы» продолжал вести фрегат к берегу. А на то, что это было место опасное, указывал и окружающий пейзаж, и изменившийся цвет моря.
Когда еще раз измерили глубину моря, она оказалась всего 18 локтей вместо предполагавшихся восьмидесяти. В этой ситуации фрегат могла спасти лишь быстрота реакции капитана, но Шомарей будто впал в какое-то оцепенение и не повернул корабль. И вскоре «Медуза» села на мель – между Канарскими островами и Зеленым мысом.
Спасательные работы начались неорганизованно и беспорядочно, и целый день был потрачен без толку. Все попытки снять фрегат с отмели оказались тщетными. В корпусе судна открылась течь, и пятого июля было принято решение покинуть тонущий корабль. По всем морским правилам и законам Шомарей, как капитан, должен был покинуть судно последним, но он не сделал этого. Капитан Шомарей, губернатор со свитой и высший офицерский состав разместились в шлюпках. Сто пятьдесят матросов и женщин перешли на плот, построенный под руководством инженера Корреара корабельным плотником. Командовал плотом выпускник мореходного училища Куден, с трудом передвигавшийся из-за травмы ноги.
