Дети его остались в пределах территории Великого княжества Литовского, получили там земли и другие пожалования. Часть потомков Михаила Глебовича перешла в католическую веру и стала носить фамилию Солтык, дав начало польскому дворянскому роду Солтыковых.
Оставшиеся в России Салтыковы находились в ближайшем родстве по материнской линии с избранным на царство Михаилом Федоровичем Романовым. Пытаясь занять более высокое положение, боярин Михаил Михайлович Салтыков стал главным виновником интриги, направленной против первой невесты молодого царя Марии Хлоповой. Когда же обман о неизлечимой болезни царской невесты был раскрыт, Михаил Михайлович и его брат Борис были сосланы в свои деревни. В монастырь была сослана и мать братьев Салтыковых, их поместья и вотчины перешли в казну за то, что они «государской радости и женитьбе учинили помешку».
При жизни патриарха Филарета Салтыковы находились в «заточении необратимом», а после его смерти сразу же возвращены ко двору с прежними чинами и званиями.
В годы царствования Алексея Михайловича ближайшим его доверенным лицом стал боярин Петр Михайлович Салтыков. Он стоял во главе многих приказов – Денежного сбора, Судного, Владимирского, Большой казны. Петр Михайлович был назначен царем главой комиссии по расследованию дела патриарха Никона. Во время стрелецкого восстания 1682 года сын Петра Михайловича, Федор, был убит стрельцами по ошибке. Стрельцы сами принесли отцу тело сына и ждали сурового наказания. «Божья воля», – сказал Салтыков и велел угостить пришедших стрельцов вином.
В конце XVII века род Салтыковых снова породнился с Романовыми благодаря браку Прасковьи Федоровны Салтыковой с сыном Алексея Михайловича Иваном, ставшим царем Иваном V, соправителем Петра I. Царица Прасковья была воспитана традиционно и едва знала грамоту. Брак с Иваном V дал ей пятерых дочерей, с которыми она проживала в селе Измайлове после кончины супруга. Взаимоотношения с Петром I у царицы Прасковьи сложились хорошие, хотя молодой государь критиковал ее за предрассудки и суеверие, говорил, что ее двор похож на «гошпиталь уродов, ханжей и пустосвятов». Прасковья Федоровна не всегда понимала и соглашалась с его деятельностью, но сознавала необходимость проводимых Петром преобразований и умела к ним приспосабливаться. За это Петр многое прощал невестке, питал к ней уважение и любовь.
