Фихте завоевал уважение и признание таких людей, как Гете, Якоби, Вильгельм фон Гумбольдт, братья Фридрих и Август Шлегели, Шиллер, Тик, Новалис. Романтики Йенской школы создавали свои культурно-исторические и эстетические теории под непосредственным влиянием наукоучения. И материально Фихте теперь тоже был обеспечен. Вначале, правда, его жалованье сверхштатного профессора не превышало 200 талеров в год: на его приватный курс записалось сначала только 26 студентов. Однако к концу первого семестра число слушателей возросло до 60, а во втором семестре — до 200. Вместе с гонорарами за свои сочинения философ получал теперь до 3000 талеров в год; часть денег он отсылал родственникам в Рамменау, а в 1797 году смог даже купить себе дом в Йене. Однако кипучая деятельность молодого профессора была неожиданно прервана.
В Йенском университете у Фихте из-за его бескомпромиссности было и немало противников, в особенности после того, как он утратил поддержку Канта. 
Фихте считал, что его учение это лишь разъяснение правильно понятой им философии Канта, но на самом деле далеко от нее отошел и прежде всего от присущей ей созерцательности Кант заметил, что Фихте слишком удалился от его основных принципов, якобы развивая их. Например, отказался от «вещи в себе», а за разумом признал отвергнутую им способность к интуиции.
В 1798 году возник так называемый «спор об атеизме», переросший в общественный скандал, в результате чего весной 1799 года Фихте, обвиненный в атеизме, был вынужден подать в отставку. Поводом послужила публикация в 1798 году в «Философском журнале» статьи одного из слушателей Фихте Форберга «О развитии понятия религии», с которой Фихте как редактор журнала был не во всем согласен, а потому сопроводил ее своей статьей — «Об основании нашей веры в божественное мироправление». Фихте обвиняли за ограничение религии лишь моральной сферой. В действительности это обвинение было искусственным, поскольку и мораль как таковая носит у Фихте в конечном счете религиозный характер — он осознавал роль религии в объединении сил национального освобождения. В учении Фихте несомненно были элементы пантеизма (единства Бога и всего сущего), а его противники изображали это как атеизм. Все попытки друзей и высоких покровителей Фихте, среди которых был, в частности, Гёте, уладить скандал и сохранить для него возможность дальнейшей работы в Йенском университете не принесли желаемых результатов: философ предпочел уйти в отставку, нежели в чем-то поступиться своими принципами.
