Франц Гальдер снова подчинился приказу фюрера и принялся за разработку детального плана вторжения. Понимая, что для прорыва через укрепленную «линию Мажино» вермахт не располагает достаточными силами, он предложил измененный план Шлиффена 1914 года. Во время предварительного обсуждения плана на встрече с Гитлером фюрер высказал предложение об отвлекающем ударе в Голландии, чтобы оттянуть силы англичан в этот район. Не поддержав план Гальдера и Браухича, Гитлер велел им пересмотреть его. Но в результате за основу был взят план фон Манштейна, который в конце октября 1939 года был представлен им на рассмотрение ОКХ. Его план предусматривал заманивание противника на территорию Бельгии и Голландии отвлекающим ударом по этим странам, а затем нанесение главного удара в обход армий противника через Арденны с последующим их окружением. План, получивший название «Гельб», был переработан, а сам его создатель (Манштейн) был отправлен в войска.
В дальнейшем Гальдер и Браухич были отстранены от планирования операций по оккупации Дании и Норвегии. Гитлер, видимо, решил таким образом наказать строптивых штабистов. Но эти операции едва не окончились поражением вермахта, и управление войсками снова вернулось в ОКХ.
После поражения и капитуляции Франции Франц Гальдер был произведен в чин генерал-полковника. К этому времени он уже отошел от участия в заговорах против фюрера.
В июле 1940 года Гитлер объявил о намерении нанести удар по СССР. Он потребовал тщательной подготовки этой операции, намереваясь провести ее за пять месяцев. Он заявил на совещании с высшим генералитетом: «Чем скорее мы разобьем Россию, тем лучше. Операция только тогда будет иметь смысл, если мы одним ударом разгромим государство. Одного захвата известной территории недостаточно. Остановка зимой опасна. Поэтому лучше подождать, но потом, подготовившись, принять твердое решение уничтожить Россию».