Горьким был личный итог жизни и деятельности Лейбница, непонятый и презираемый, притесняемый и гонимый невежественной и спесивой придворной кликой, он пережил крушение лучших своих надежд. Со свойственным ему глубоким пониманием действительности он писал: «Не будь войн, раздирающих Европу со времени основания первых королевских обществ или академий, было бы сделано очень многое, и можно было бы уже воспользоваться нашими трудами. Но сильные мира сего большею частью не знают ни значения их, ни того, что они теряют, пренебрегая прогрессом серьезных знаний».
При третьем правителе — курфюрсте Георге Людвиге Лейбницу приходилось особенно плохо. Неоднократные выговоры за «нерадивость», нелепые подозрения, прекращения выплаты денежного содержания — так был вознагражден престарелый философ за долголетнюю службу. Ему то и дело давали понять, что он больше не нужен и даром ест свой хлеб.
До 50-летнего возраста Лейбниц редко болел. Он обожал сладкое, даже в вино подмешивал сахар, но вообще пил мало вина, ел с большим аппетитом, но гурманом не был. Обыкновенно он ложился спать не раньше часу ночи и вставал не позднее семи часов утра. Такой образ жизни он вел до глубокой старости. Часто случалось, что Лейбниц засыпал в своем рабочем кресле от переутомления, так и спал до самого утра. От сидячей работы и неправильного питания у него развилась подагра. Два последних года жизни Лейбниц провел в постоянных физических страданиях.
В начале августа 1716 года ему стало лучше, и Лейбниц поспешил в Ганновер, желая, наконец, окончить пресловутую брауншвейгскую историю. Он простудился, почувствовал приступ подагры и ревматические боли в плечах. Из всех лекарств Лейбниц доверял лишь одному, которое когда-то подарил ему приятель-иезуит. Лейбниц принял на этот раз слишком большую дозу и почувствовал себя дурно. 
Прибывший врач нашел положение настолько опасным, что сам побежал в аптеку за лекарством. Во время его отсутствия Лейбниц хотел что-то написать, но не мог сам прочесть написанное. Он лег в постель, закрыл глаза и умер. Это было 14 ноября 1716 года.
Единственный наследник Лейбница, его племянник, священник Леффлер, явился получать наследство. Прекрасный портрет дяди он продал за несколько талеров и, к восхищению своему, получил в наследство значительную сумму денег. Когда этот племянник Лейбница возвратился домой, жена его, ожидавшая получить грош, до того обрадовалась, что с нею сделался удар.
Пренебрежение власть имущих и ненависть церковников к великому мыслителю преследовали его и после смерти. Целый месяц тело философа лежало в церковном подвале без погребения. Лютеранские пасторы, почти открыто называвшие Лейбница «безбожником», ставили под сомнение саму возможность захоронения его на христианском кладбище. Когда в конце концов скромный кортеж направился к могиле, за гробом шли только несколько человек, почти все из них случайные лица, а от двора не присутствовал никто. И один из немногих свидетелей церемоний, понимавший подлинное значение того, что произошло, заметил «Этот человек составлял славу Германии, а его похоронили как разбойника».
