Если в ранние годы своего творчества он свободно использовал вошедший в обычай у романтиков способ софилософствования, замечательным примером чего было издание им «Критического журнала философии» совместно с Гегелем без разграничения авторства, то позднее Шеллинг стал ревностно охранять свои идеи, отстаивать право собственности на них. «Мои идеи», приговаривал он, жалуясь на «похищения». После смерти друга своей молодости Гегеля (1831) он не упустил случая ввязаться в спор об истинном авторстве стародавней статьи «Об отношении философии природы к философии вообще», напечатанной без подписи в «Критическом журнале философии» (1802), заявив, что статья написана им, Гегелю же не принадлежит в ней «ни буквы».
Изменение отношения к Гегелю очень показательно для философской эволюции Шеллинга. Получив от Гегеля экземпляр только что напечатанного первого крупного его произведения «Феноменология духа», Шеллинг 2 ноября 1807 года посылает в ответ текст своей знаменитой речи об отношении изобразительных искусств к природе, произнесенной в мюнхенской Академии художеств, и краткое письмо, из которого видно, что между двумя главными защитниками философии тождества возникли разногласия.
После этого переписка старых университетских товарищей навсегда обрывается и их дружеские связи прекращаются.
Уже в годы преподавания в Вюрцбургском университете (1803–1806) в Шеллинге зрел внутренний «переворот», наложивший печать на все последующее направление его мышления. Его мучат теперь проблемы добра и зла. Философия природы не отвечает на вопросы о смысле жизни и о страданиях в этом мире. Есть более основательный центр, на кругах которого вращаются миры разума и гармонии, — это религия. В сочинении «Философия и религия» (1804) поворот в миросозерцании мыслителя становится уже заметным, а в «Философском исследовании о сущности человеческой свободы» (1809) в основу кладется уже иррациональный принцип сотворение мира из божественной «темной основы».
