Командовать Армадой был поставлен адмирал Медина-Сидони. Знатнейший дворянин Испании, он мог по праву гордиться: до него еще никто не возглавлял столь могучую экспедицию.
Отплытие Армады назначено было на май месяц из Лиссабона. В день Святого Марка, 25 мая, выдавшийся солнечным и безветренным, герцог Медина-Сидони при полном параде явился в Лиссабонский собор, чтобы принять в свои руки священное знамя. Мессу служил епископ Лиссабонский, который благословил участников похода, взял за край штандарт и протянул его герцогу. Мушкетеры произвели залп, трижды подхваченный орудиями всех кораблей и батареями крепости.
На знамени рядом с изображением Христа был герб Испании и начертанный по-латыни девиз: «Восстань, Господи, и – защити!». На другой стороне находился образ Богоматери и слова: «Покажи, что ты мать!».
В самом начале экспедиции буря задержала корабли, и в день отплытия (9 мая) в устье Тежу вдруг поднялся сильный ветер. Лоцманы качали головами: нечего было и думать о выходе в море. Ледяные порывы ветра резали прямо в лицо. «Декабрьская погода», – говорили лоцманы, а герцог Медина-Сидони записал в своем дневнике: «Погода противится выходу Армады».
Воспользовавшись паузой, он составил приказ по флоту, который под звуки труб зачитали на всех кораблях.
«В первую голову надлежит помнить каждому, от вышестоящих офицеров до рядовых, что главным намерением его величества было и остается служение Господу нашему… Посему нельзя выходить в море, не исповедовавшись и не покаявшись в прошлых грехах. Также всякие ругательства и хулы в адрес нашего Господа, Богоматери и Святых запрещаются под страхом самого сурового наказания и лишения винной порции.
Запрещаются все игры, особливо в ночное время. Поскольку известные прегрешения происходят от присутствия публичных и частных женщин, запрещено пускать их на борт.