Летом 1709 года в ходе Северной войны произошел перелом в пользу России. Разгромив главные силы сухопутной армии шведов на Украине, Петр I перебросил основные силы своей армии на балтийское направление, за короткий срок заняв южное побережье Финского залива. В наступлении русской армии и флота в Финляндии, которое продолжалось в течение 10 лет, Федор Апраксин принимал самое активное участие. Командуя гребным флотом, он отличился в ряде крупных операций, первой из которых стало взятие сильной крепости Выборга. Эту крепость шведы использовали в качестве основной базы для нападения на Петербург.
В марте 1710 года графу Апраксину было вверено командование над 10-тысячным корпусом, который перешел по льду Финского залива и осадил крепость. К началу мая транспортная флотилия, пройдя через ледяные поля залива, доставила Апраксину необходимые для осады артиллерию, боеприпасы и продовольствие. Получив подкрепление, Апраксин перешел к решительным действиям против гарнизона крепости, и 13 июня Выборг был взят. Он умело провел осаду и хорошо организовал взаимодействие сухопутных войск и гребной флотилии, которая штурмовала Выборг со стороны залива и не допустила в него шведскую эскадру, появившуюся перед входом в залив в середине мая. После сдачи крепости Петр собственноручно возложил на Апраксина орден Св. Андрея Первозванного и золотую шпагу, украшенную бриллиантами. После взятия Выборга Апраксин оставался в крепости, руководя исправлением поврежденных осадой укреплений.
При перенесении боевых действий на собственную территорию Швеции, перед Апраксиным была поставлена задача завоевания южного побережья Финляндии. В 1712 году Апраксин был назначен главным начальником над Эстляндией, Ингерманландией и Карелией с подчинением ему всех сухопутных и морских сил, находящихся на этих территориях. В этом же году он был поставлен во главе особого корпуса, которому предстояло занять Гельсингфорс и Або, с взятием которых Петр I рассчитывал склонить Швецию к подписанию мира. Финская кампания началась в конце апреля 1713 года. Под командованием Апраксина находилось 200 кораблей гребного флота и 16-тысячный десантный корпус. В начале мая флот подошел к Гельсингфорсу, защищенному с моря береговой артиллерией. Русский десант, высаженный на берег под прикрытием своей корабельной артиллерии, захватил город, вынудив шведов отступить к Борго. Город был превращен в промежуточную базу для развертывания дальнейшего наступления. Затем русские войска двинулись к Або, который был занят без боя 28 августа 1713 года. Захватив военные трофеи, войска отошли на зимние квартиры в Петербург. Заслугой Апраксина в этой кампании явилось то, что он смог в короткий срок хорошо подготовить гребной флот и десант к боевым действиям, а в ходе самой кампании обеспечить войска всем необходимым для успешного проведения военных операций.
