Неожиданно Лукреция и ее муж отбыли в его имение – Пезаро. Мужу Лукреции претил разврат римского двора жены, а Лукреция не имела никаких возражений вести тихую жизнь в провинции, надеясь обрести там счастье. Все складывалось удачно для пары, но этот рай долго не продлился. Папа и брат Чезаре были просто взбешены поведением Лукреции, и в Пезаро был послан вооруженный отряд. Лукрецию требовали вернуть в Рим, а за неподчинение грозили объявить Сфорца государственным преступником. Такому требованию пришлось подчиниться. Чтобы не рисковать в дальнейшем, брак следовало срочно расторгнуть. За дело взялся Чезаре, ставший к тому времени епископом Валенсии. Он организовал покушение на Сфорца, который чудом остался жив, после чего согласился оставить Лукрецию. Официально, чтобы соблюсти правила приличия, если они еще были кому-то нужны, его обвинили в бесплодии, после чего брак мог быть расторгнут. Но должно было пройти полгода для того, чтобы конклав утвердил это решение.
Время до бракоразводного процесса семейство Борджиа проводило как обычно. Не найдя для себя более срочных дел, Чезаре Борджиа решил расправиться с родным братом. Чезаре очень мешал Хуан, мешал во всем. И неизбежное произошло: после дружеской пирушки двух братьев Хуан был убит наемными убийцами по приказу Чезаре. Его зарезали и бросили в Тибр. Свидетелем этого был один из жителей города, который позднее, после начала розысков, спокойно признался, что за свою жизнь видел не раз, что бросали в реку в сказанном месте в разные ночи убитых, и никогда за это не было никакого ответа, поэтому и данному случаю он не придал значения.
Александр VI устроил небывалое расследование убийства сына, и, пока было доказано, что это сделал Чезаре, очень много невинных людей скончалось под пытками, пытаясь доказать свою непричастность к этому убийству. Александру VI было необходимо представить это убийство как заговор против семьи Борджиа. Узнав правду о смерти старшего сына, он сильно горевал, но затем простил Чезаре.
Смерть Хуана потрясла Лукрецию, и она приняла решение уйти в монастырь. И ушла. Семья не желала потерять ее из-за семейных раздоров, ведь надо было жить дальше. Жить и завоевывать новое жизненное пространство, и для этого семье Борджиа была необходима Лукреция. Ей писали в монастырь письма, к ней приезжал Чезаре, но она не пожелала увидеться с братом, а на все письма отвечала, что хочет провести остаток дней в святой обители.
