Но, как это часто случается, великие люди испытывают на себе изменчивость фортуны. Завистники обвинили Сципиона и его брата не только в хищениях и утаивании военной добычи, но и в государственной измене. Сципиону приписали стремление к захвату неограниченной власти и сговор с сирийским царем Антиохом, у которого в плену находился сын Публия Сципиона. Имущество героя 2-й Пунической войны подверглось конфискации, но никаких «спрятанных сокровищ» в его доме не было найдено. В отношении его брата Луция было даже принято предписание о заключении его в тюрьму, и только наложенное вето народного трибуна Тиберия Семпрония Гракха отменило это предписание. Гракх не разделял политических пристрастий Сципионов, но и не мог допустить, чтобы с братом победителя Ганнибала обошлись несправедливо.
В знак благодарности и восхищенный благородством Гракха, Сципион Африканский отдал ему в жены свою дочь Корнелию.
В день пятнадцатой годовщины битвы при Заме Сципион был вместо поздравления вызван в суд. Но он предстал перед судьями не как обвиняемый, в одежде смиренного просителя, а как победитель, в праздничном одеянии. В суде Сципион дал отчет римскому народу о своей прежней жизни, зачитав длинный список одержанных им побед во славу Рима, а затем предложил всем проследовать за ним на Капитолийский холм для совершения жертвоприношения в честь победы над Ганнибалом. Так Сципион ответил своим врагам, а затем удалился от дел.
Последние годы он прожил в своем поместье в Литерне, в добровольном изгнании. Постепенно всеми забытый, он скончался в возрасте пятидесяти двух лет. Сципион еще при жизни не пожелал быть захороненным в Риме. На его гробнице в Литерне высечены слова: «Неблагодарное отечество, да оставит тебя мой прах».
Его судьба похожа на судьбу другого полководца и его военного противника – Ганнибала. Оба великих военачальника окончили свои дни в изгнании и даже скончались в один год – 183-й до н э. Последний раз они встретились не на поле боя, а при дворе царя Антиоха III, который дал приют изгнанному из отечества Ганнибалу. Во время беседы Сципион спросил у Ганнибала, кто, по его мнению, лучший из известных в мире полководцев. Тот ответил, что лучшими он считает Александра Македонского, Пирра и себя. «А что бы ты сказал, если бы я не победил тебя?» – спросил Сципион. «Тогда бы не третьим, а первым считал я себя среди полководцев», – ответил Ганнибал.
